При оформлении документов использовался «альбомный» метод. Он заключался в составлении списков обвиняемых с указанием фамилии, имени, отчества, года рождения и с общим упоминанием инкриминируемого преступления. Причем квалификация деяний с использованием определений УК применялась далеко не всегда. Например, рецидивисты в обвинительных заключениях проходили в основном как «социально вредные элементы» («соцвреды»). В последней графе против этих сведений приводилось решение с указанием характера наказания, места ссылки и срока репрессии. Выписки из протоколов заседаний Комиссии отправлялись на исполнение соответствующим органам. В результате аппарат ГПУ и административный отдел НКВД действовали фактически независимо друг от друга. Утверждение Комиссией приговоров по ссылкам и высылкам было по сути формальной процедурой. Зачастую ее секретарь оповещался о рассмотрении дел на очередном заседании в самый последний момент[714].

Проведение масштабных операций по ссылке и высылке представителей «антисоветской» интеллигенции внесло свои коррективы в организацию оперативной работы ГПУ. В ноябре 1922 г. в штате СОУ было образовано самостоятельное Особое бюро по делам административной высылки антисоветских элементов интеллигенции в составе начальника Я.С. Агранова и его восьми помощников. В январе 1923 г. оно было расформировано, а его функции переданы в секретный отдел. К этому времени штат секретного отдела расширился за счет новых отделений: 9-го (работа против антисоветских элементов в кооперации), 10-го (еврейских националистических группировок), 11-го (антисоветских элементов на транспорте), 12-го (антисоветских элементов в сфере литературы, печати и театров), 13-го (контроль за различными обществами и съездами, высылка интеллигенции за границу), 14-го (работа против антисоветских элементов в вузах). 1 марта 1923 г. было организовано техническое бюро по административным высылкам при отделе центральной регистратуры (ОЦР) СОУ. Решение общих организационных вопросов, касающихся осуществления ссылки и высылки, возлагалось на административно-организационное управление (АОУ), вопросов обеспечения – на отдел снабжения. Еще в сентябре 1922 г. в ведение ГПУ была передана конвойная стража.

В связи с началом работы Комиссии возникла проблема разделения полномочий на возбуждение дел и исполнение постановлений по высылке между отделами милиции и ГПУ. Она не получила ясного освещения в декрете «Об административной высылке». Проблема была поставлена наиболее остро на губернских совещаниях по борьбе с преступностью, проходивших в составе представителей губкомов РКП(б), ГПУ, уголовного розыска и административных отделов исполкомов. Так, 24 декабря 1922 г. на совещании в г. Иркутске было решено, руководствуясь постановлениями ВЦИК от 10 августа и 16 октября 1922 г., поднять вопрос о высылке рецидивистов, немедленно приняв через органы губернского розыска меры по учету этих лиц и сообщению сведений в органы ГПУ[715]^{. В целях прояснения}ситуации 10 февраля 1923 г. центральный административный отдел НКВД выпустил инструкцию «О порядке административной высылки уголовников-рецидивистов», которая давала административным отделам при губисполкомах право ходатайствовать перед Комиссией о высылке рецидивистов. При этом, опасаясь наплыва подобных дел, руководство НКВД предусматривало возможность такого порядка «лишь в случае массового развития преступности на территории губернии, что должно было быть установлено постановлением исполкома»[716].