В результате часть австрийской буржуазии решила, что непоследовательная политика для нее выгоднее, и начала привыкать к мысли, что в крайнем случае можно и отказаться от собственного освобождения.

Возникшие в Бельгии и в Венгрии восстания против централизаторской политики Иосифа в конце концов заставили его отступить. Незадолго до своей смерти он был вынужден отменить некоторые свои централизаторские мероприятия.

Составной частью политики Иосифа был комплекс вопросов, связанных с церковью. О свободомыслии Иосифа и его антиклерикальных мероприятиях написано очень много. В биографиях Иосифа его конфликт с церковью занимает непомерно много места. Но именно церковная политика Иосифа менее всего отклонялась от традиционной политики прочих Габсбургов в этом вопросе.

Его личное отношение к религии не играло при этом решающей роли. Он был «свободомыслящим» постольку, поскольку считал, что религия — частное дело каждого гражданина и что нет никаких оснований сохранять старое монопольное положение католической церкви в Австрии. Эта его позиция нашла свое отражение в эдикте о веротерпимости, по которому всем принадлежавшим к признанным религиям в монархии, прежде всего к протестантской и к греческо-православной церкви, было гарантировано право свободно отправлять религиозные обряды и иметь свои церкви, а все ограничения и дискриминационные мероприятия были запрещены. Она выразилась также в законе, по которому все направленные против евреев постановления — принудительные гетто, обязательное ношение особой одежды, запрещение заниматься целым рядом профессий — были отменены и евреи были приравнены ко всем другим гражданам государства.

Политика Иосифа относительно церкви воплощала лишь старый габсбургский принцип: безусловное подчинение церкви авторитету государства. Главой католической церкви, которая и впредь оставалась государственной церковью, по мнению Иосифа, должен был быть не папа, а государь страны или, в качестве его представителя, особый чиновник. Все распоряжения и определения папы должны были утверждаться государем, а служители церкви приравнивались к государственным чиновникам. Папа протестовал против этих распоряжений, он даже прибыл в Вену для личных переговоров с Иосифом. Иосиф принял его вежливо и столь же вежливо, но твердо заявил, что, по его мнению, папа является авторитетом в моральных, но не в церковно-правовых или государственно-правовых вопросах, и тот уехал несолоно хлебавши.

Радикальнее было такое мероприятие, как закрытие части монастырей, но и его нельзя рассматривать как антицерковное или антирелигиозное мероприятие. Иосиф и его сторонники считали, что в государстве имеет право на защиту и поддержку только тот, кто работает с пользой для общества. Вследствие этого он распорядился о закрытии монастырей, не выполнявших какой-нибудь полезной работы, как, например, уход за больными или обучение и воспитание детей.