После долгого промедления было решено дать бой Наполеону при Ваграме. Эта битва, как и несколько других мелких сражений, была проиграна. Исторический момент был упущен. Когда битва была проиграна, Франц, полуудрученный, полууспокоенный, заметил: «Разве я не говорил, что так и будет? Теперь мы все можем отправиться домой». После этого он, удовлетворенный, сел в свой экипаж и уехал, как сообщают современники, со спокойствием, вызвавшим всеобщее удивление. Подлинные чувства Франца еще более явно обнаружились, когда он по настоянию эрцгерцога Карла произвел смотр добровольческому корпусу пражских студентов. Проходя вдоль строя, Франц сказал приветливо: «Вы выглядите хорошо, я бы этому не поверил. Но теперь, к счастью, я больше не нуждаюсь в вас, и вы можете отправиться домой». Затем он велел вручить каждому в награду серебряный гульден. Возмущенные студенты бросили деньги к его ногам. «Благодарность» императора за услуги, оказанные короне в 1809 г., была и в отношении остальных, мягко выражаясь, оскорбительной: офицерам, особенно отличившимся в боях, если речь шла о представителях буржуазии, он предоставил право открытия табачных лавок, которое обычно получали старухи и нищие; пражские сословия, собравшие на оборону крупные суммы и выставившие сильную армию, получили право носить красную униформу.

Вполне удовлетворенный, Франц вскоре заключил с Наполеоном Шёнбруннский мир. По этому миру Австрия потеряла Зальцбург и Иннфиртель, отошедшие к Баварии, Галиция была отдана России, из Словении, Триеста, Истрии и Крайны было создано самостоятельное королевство — Иллирия. Кроме того, Австрия должна была уплатить огромную контрибуцию.

Проигранная война послужила поводом для резкого изменения внутриполитического курса. Эрцгерцог Карл и эрцгерцог Иоганн потеряли всякое влияние. Чиновники, выдвинувшиеся в 1809 г., были уволены. Стадион получил отставку. На его место пришел Меттерних, выразитель интересов аристократии и банкиров, ревностный блюститель «спокойствия и порядка». Полиция снова была усилена и вскоре сделалась всемогущей; система доносов и шпионаж процветали — правительство знало, что говорится в каждом доме. Чиновники в своей деятельности были лишены всякой самостоятельности. Наступила реакция.

Тироль поднялся на борьбу, памятуя обещание правительства о безусловной поддержке. Это обещание не было выполнено, Тироль был оставлен без поддержки, но все же он продолжал бороться.

В начале мая французы начали контррнаступление на Тироль. Французский маршал Лефевр с баварскими войсками вторгся в Тироль, Инсбрук был взят, войска победителей установили страшный террор. Сотни крестьян были повешены, началась резня женщин и детей. Еще 1 мая Андреас Гофер призвал тирольцев к борьбе. 25 мая крестьяне начали штурм горы Изель близ Инсбрука, 29 мая французы и баварцы были отброшены от Инсбрука. После этой победы тирольцы вновь получили императорское послание, в котором Франц обещал, что подпишет только такой мир, который прочно свяжет Тироль с Австрией. Через несколько недель был подписан мир, по которому Тироль был брошен на произвол судьбы и который предусматривал отвод немногочисленных австрийских войск из страны. В начале августа французы бросили все освободившиеся в Австрии войска в Тироль, тогда как австрийские полки покидали страну. Генеральный штаб и прежде всего Гофер, Шпекбахер и Хаспингер решили продолжать борьбу. Снова прозвучал на весь Тироль призыв к всеобщему восстанию, и снова на этот призыв откликнулась вся страна. Женщины и дети помогали строить из камней и деревьев завалы в горных проходах, вооруженные мужчины уходили в горы, чтобы напасть оттуда на подходивших французов и баварцев. 4 августа первые вражеские полки вступили в Эйзакталь. По общему сигналу на них были сброшены с высот каменные глыбы, и одновременно со всех сторон был открыт ружейный огонь. Авангард армии был отрезан и сдался в плен. Та же участь постигла главные силы, посланные несколькими днями позже маршалом Лефевром, заявившим, что только глупцы могут обратиться в бегство от крестьян-горцев. 11 августа началось отступление французов, превратившееся под натиском тирольцев в бегство. Маршал Лефевр вынужден был переодетым пробираться через Бреннер, укрываясь среди всадников и беженцев. Тирольцы грозились его повесить, так как в отместку за первую атаку он велел сжечь деревню Рид. В середине августа вся французская армия — 30 тыс. человек — была обращена в бегство. Тироль был освобожден в третий раз. Крестьянская армия держалась образцово не только в бою, но и после победы. Немногие случаи грабежей в освобожденном Инсбруке были прекращены после того, как Андреас Гофер обратился к повстанцам со словами: «Как вам не стыдно грабить! Разве вы баварцы?»