Главное управление Обер Ост состояло из отраслевых отделов и секций.

Зона Обер Ост делилась на военные административно-территориальные единицы, границы и статус которых неоднократно менялись.

Большая часть белорусской части Обер Ост в начале октября 1915 г. подчинялась Главному управлению Гродно и Главному управлению Белосток[1472]. Согласно распоряжению Главнокомандующего на Востоке генерал-фельдмаршала принца Леопольда Баварского от 10 октября 1916 г. «О слиянии управлений Гродно и Белосток» Главное управление Гродно (Hauptverwaltung Grodno) упразднялось 1 ноября 1916 г., а его территория присоединялась к Главному управлению Белосток (Hauptverwaltung Bialystok). Новое управление получило название «управление Белосток-Гродно» (Verwaltung Bialystok-Grodno) с центром в Белостоке [1473]. С 4 марта 1917 г. по инструкции шефа генштаба М. Гофмана термин «управление» был заменен на «военное управление» относительно всех управлений зоны Обер Ост, в том числе и Белосток-Гродно (Militarverwaltung Bialystok-Grodno)[1474]. Шефом объединённого управления стал ротмистр ладвера в запасе Т. фон Хеппе (Т. von Нерре). Территориально-административная структура военного управления Белосток-Гродно, площадью 26.522 км² и населением 713.629 человек, в июле 1917 г. включала 3 городских уезда (Stadtkreis): Белосток, Гродно и Лида и 11 сельских уездов (Landkreis)[1475]. Нижестоящими звеньями системы управления Обер Ост являлись администрации уездов, городов и староств.

С 1 февраля 1918 г. военное управление Белосток-Гродно было объединено с военным управлением Литва в одну административно-территориальную единицу под названием Военное управление Литва с центром в Вильно (Militarverwaltung Litauen)[1476]. Новообразованная единица разделялась на два района, границы которых соответствовали прежним управлениям, под названиями Военное управление Литва, район Север с центром в Вильно (Litauen, Bezirk Nord) и Военное управление Литва, район Юг с центром в Белостоке (Litauen, Bezirk Sud). Современные белорусские территории вошли в район Юг военного управления Литва[1477].

С 1 августа 1918 г. Военное управление Литва вместе с военным уездом Сувалки и военными лесными управлениями Беловежа, Белосток, Гродно были объединены в Военное губернаторство Литва с центром в Вильно (Militargouvernement von Litauen)[1478]. Район Юг военного управления Литва был преобразован в Военное районное управление Литва-Юг военного губернаторства Литва. При этом военный губернатор Литвы непосредственно подчинялся Главнокомандующему на Востоке. Центральная администрация при Главнокомандующем на Востоке – Главное управление Обер Ост – было ликвидировано. При штабе оставались лишь несколько референтов для решения административных и экономических вопросов[1479].