Тот факт, что наиболее способные дьяки пополняли элиту, указывает на постепенную трансформацию последней. По мере роста империи и модернизации государства необходимо было укреплять контроль над территорией и улучшать механизмы мобилизации ресурсов, а это требовало увеличения бюрократического аппарата. Опытные бюрократы посягали на сферу, ранее отведенную исключительно для военных, но происходил и обратный процесс – появлялись те, кого Роберт Крамми назвал «чиновниками из рядов знати»: то были образованные люди, занимавшие должности в московских приказах и крупнейших провинциальных воеводствах. Некоторые набирали по нескольку должностей, чтобы увеличить свое влияние и доходы: так, в 1620-е и 1630-е годы князь И. Б. Черкасский одновременно возглавлял Стрелецкий, Иноземский, Аптекарский приказы, приказы Казенного Двора и Большой Казны. Были те, кто специализировался в конкретных областях: князь В. В. Голицын – на внешней политике, А. С. Матвеев и А. Л. Ордин-Нащокин – на экономической политике. На протяжении XVII века не менее 20 % думных чинов совмещали военную службу с гражданской, причем последняя обычно прибавлялась после долгой военной карьеры. Примерно 50 % думных чинов находились исключительно на военной службе, 10 % – только на гражданской. В целом, как показывает Крамми, 60 % всех представителей боярской элиты в какой-то момент сидели в том или ином приказе. Приказная служба была привлекательна, во-первых, тем, что подразумевала пребывание в Москве (это позволяло поддерживать тесный контакт с различными группировками и сетями влияния), во-вторых, возможностью получать взятки и подарки, и в-третьих, перспективой доступа к реальной власти. Это не означает, что военная элита превращалась в гражданскую: две сферы все еще давали различный статус и различные экономические льготы. Привыкшие к военной службе бояре, оказываясь во главе приказов, обнаруживали плохое знакомство с бюрократическими процедурами, но зато привносили в московские приказы «традицию лидерства».

Начиная с царствования Алексея Михайловича (1645–1676), и особенно вследствие военных реформ и бюрократизации, вызванных Тринадцатилетней войной (1654–1667), число думных чинов стало быстро возрастать. Прежде всего это касалось думных дворян: получив этот чин, представители незнатных семейств входили в состав элиты. В начале царствования Алексея Михайловича насчитывалось 45 думных чинов, в конце – 70. В последней четверти столетия политическое давление привело к тому, что рост перестал быть постепенным: с 1676 года до конца 1680-х шла борьба за престол, слабые правители раздавали чины, желая обеспечить себе поддержку. В начале 1690-х годов думных чинов стало уже около 160, что привело к девальвации их статуса и уменьшению полезности. Многие из тех, кто получали их, являлись, по выражению Крамми, «царедворцами». Чин боярина теперь был скорее почетным и не давал реального влияния на политику, процесс получения советов царем от окружения сильно усложнился, и в 1680-е годы были намечены (но так и не осуществлены) реформы с целью «проредить» элиту.