Церковь выглядела централизованной и могущественной. Отказавшись принять унию с Римом, заключенную константинопольским патриархом по итогам Ферраро-Флорентийского собора (1438–1439) – впрочем, просуществовавшую недолго, – московский митрополит в 1448 году объявил о независимости от Константинополя. В 1589 году обретенная таким образом автокефалия была подкреплена принятием митрополитом – с согласия глав других православных церквей – патриаршего сана. Русская церковь предприняла это, предвидя заключенную через несколько лет (1596) Брестскую церковную унию, в соответствии с которой Киевская митрополия переходила в подчинение Риму; кроме того, тем самым признавалось, что Московское государство отныне является самой могущественной православной державой. Энергичные патриархи Филарет (1619–1633) и Никон (1652–1658) немало пополнили патриаршую казну; тем же самым занимались на местах епископы. На деле же в церкви отсутствовал центральный институциональный контроль. Каждый архиерей безраздельно правил в своих обширных владениях, то же самое делали монастыри. В России насчитывалось несколько сотен обителей, и большинство из них были мелкими и бедными, но некоторые стали настоящими источниками экономического и культурного влияния. Кирилло-Белозерский монастырь на севере, Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев под Москвой и, кроме них, несколько московских монастырей (включая кремлевские) пользовались покровительством знати и царя, получая щедрые пожертвования. Оно обогащались за счет своих внушительных владений со множеством деревень; результатом стали великолепные сокровищницы, архитектурные ансамбли и культурная продукция – рукописи, иконы, фрески. Монастыри были выведены из юрисдикции не только царских, но и епископских судов; они выносили решения по делам, собирая для этого старейших монахов, и старались, насколько возможно, избегать передачи даже уголовных дел в светские учреждения. Параллельно с институциональным разнообразием существовала неразбериха в богослужебных текстах: едва ли не в каждом монастыре, соборе, приходской церкви использовались свои особые книги, так что с течением времени накапливались различия в порядке церковной службы и текстах молитв.

К проблеме автономии епископов и монастырей прибавлялась слабость церковной организации на приходском уровне. Монастыри, владевшие населенными землями по всей стране, уделяли приходам мало внимания. Епархии за пределами монастырских владений были очень велики. В середине XVI века в Русской православный церкви был один митрополит, два архиепископа, семь епископов; в 1672 году насчитывалось 17 архиереев, а Собор 1681–1682 годов, признав, что епархии должны быть меньше по размерам, создал четыре новых. Однако попытки усилить контроль путем создания дополнительных епархий наталкивались на сопротивление епископов, не желавших терять земли и ресурсы. В отличие от своих католических собратьев, русские епископы не совершали регулярные объезды епархий и правили при помощи подручных, больше известных мздоимством и притеснениями, чем пастырским попечением. Приходы были небольшими и отстояли далеко друг от друга; верующие сами выбирали священника и содержали его, выделяя земли и предоставляя продукты, а потому получали над ним существенный контроль. Епископы же почти не следили за священниками и обращали мало внимания на отход общин от канонического вероучения и официально принятых практик.