Поэтому неудивительно, что на протяжении шести лет «Дух журналов» постоянно враждовал с цензором, что позволило редактору Яценкову продемонстрировать необычную способность сочетать одновременно конфликтующие роли браконьера и егеря. Не осталось незамеченным даже объявление о начале выхода журнала. Оно спровоцировало письмо министра полиции С. К. Вязмитинова министру просвещения А. К. Разумовскому от 23 ноября 1814 года, в котором выражалось беспокойство по поводу заявленных в объявлении намерений журнала публиковать статьи о внутреннем состоянии России, включая «ее большие способности и преимущества, а также некоторые недостатки и злоупотребления». По мнению Вязмитинова, любое подобное намерение было «совершенно неприличным», учитывая, что вопросы такого рода «относятся до попечения самого правительства и отнюдь не могут подлежать суждению частных лиц публично». Он настоятельно призвал Разумовского провести расследование и предупредить цензоров о появлении первого номера этой потенциально подрывной публикации. Разумовский должным образом написал куратору Санкт-Петербургского образовательного округа С. С. Уварову, который приходился ему зятем, приказав при необходимости запретить издание, выговорить цензуре, проявившей недостаточную бдительность, и призвать цензурный комитет внимательно изучить будущие выпуски «Духа журналов».

Спустя всего несколько месяцев, 29 апреля 1815 года, возмущенный Вязмитинов пожаловался Разумовскому на очередной номер «Духа журналов». Любопытно, что вызвавшая нарекания статья была явно безобидной историей попыток Екатерины Великой снизить цены на товары первой необходимости. Тем не менее министр полиции счел статью потенциально подрывной, поскольку она была полна суждений, которые были не только совершенно глупыми и бессмысленными, но также недопустимыми, дерзкими и могли оказать пагубное влияние на общественное мнение. Разумовский ответил уверением, что цензурный комитет получил строгий выговор за разрешение на публикацию статьи, а также указание проявлять бдительность в будущем.

В следующем июле Разумовский был снова вынужден написать Уварову о «Духе журналов», потому что теперь в нем было опубликовано эссе Иеремии Бентама, скрыто критикующее экономическую политику российского правительства. Разумовский утверждал, что тот факт, что статьи Бентама ранее печатались и продавались в России, не является оправданием. Скорее российские журналисты должны были избегать публикации взглядов, потенциально критикующих политику правительства, «не говоря уже о том, чтобы представлять их как неопровержимую правду». Он предупредил, что отныне цензоры, продолжающие давать зеленый свет «неправильным» публикациям, будут уволены без надлежащего судебного разбирательства.