В губревкоме Захаров, общаясь с Е. Мамонтовым, И. Громовым, Ф. Архиповым, рассказал про настроения Кожина и Каширова. После этого Кожина, Каширова и Д. Блынского вызвали в губревком, где Игнатий Громов двум последним «сделал нотацию» насчет того, что они «немножко заблудились». А Кожин, проигнорировавший приглашение, на другой день был арестован и отпущен после разговора Захарова с главой губревкома В. Аристовым. Зато вскоре были арестованы Ф. Д. Плотников и Сопин, хотя последнего почти сразу освободили, причем Захаров ходатайствовал и за него[2603]. Командир небольшого отряда на Алтае Е. Г. Аниконов в январе 1920 года был арестован и судился трибуналом «за несвоевременное разоружение партизанского отряда», но оказался оправдан и впоследствии отправлен на польский фронт[2604].

Тревожась за настроения популярных повстанческих вожаков, Сиббюро ЦК 11 июня 1920 года указало на то, что ряд губкомов нетактично отнесся к партизанским лидерам. На другом заседании Сиббюро постановило для изживания партизанщины втягивать «авторитетов» в советскую работу. Сибревком 7 мая того же года решил выделить на восстановление хозяйств, разоренных войной (прежде всего партизанских), 95 млн рублей[2605]. Однако часть партизан сразу запротестовала против политики военного коммунизма: 24 июня председатель Горно-Алтайского райревкома В. И. Плетнёв, выступая на губернской конференции РКП(б), назвал продовольственную политику «неправильной» и предложил не запрещать свободную торговлю. По словам тогдашнего продагента Шебалинской волости, Плетнёв часто отменял «для многих селений разверстки по основаниям якобы чрезмерной тяготы наложения и несправедливости таковых ввиду разоренности населения войной»[2606].

Всего в части РККА и ВОХР влилось свыше трети сибирских партизан[2607]. К лету 1920 года ни одного самостоятельного партизанского соединения в Сибири не осталось. Но это вовсе не означало, что партизанщина исчезла как политический и общественный феномен, – повстанцы-пассионарии не могли раствориться бесследно даже на сибирских просторах. Наличие массы бывших партизан, являвшихся фактическими хозяевами на очищенных ими территориях, было, по мнению Сиббюро ЦК, серьезным осложняющим фактором, налагавшим особый отпечаток на партийную работу в Сибири[2608]. Между тем, согласно давней монографии В. И. Шишкина, якобы лишь «незначительная часть партизан из 4‐го корпуса М. С. Козыря, отрядов П. К. Лубкова и Г. Ф. Рогова, находившихся под влиянием анархистов и эсеров, отказалась подчиняться советским органам»[2609]. Партийно-советские органы постоянно сообщали об анархистских поступках, часто откровенно криминальных, со стороны структур власти, сформированных партизанами.