Первый этап 1992–1998 гг.: разгосударствление/либерализация, поиск новых производственных и логистических решений новыми хозяйственными акторами. Этот период ознаменовался кризисным сокращением государственных бюджетных расходов в Арктике, массовой передачей государственных хозяйственных предприятий новым частным собственникам. Для СМП это означало кратное сокращение грузопотока как за счет сокращения потребности арктических территорий со сжавшимся населением в грузах жизнеобеспечения, но еще большую роль в эти годы играло обвальное уменьшение бюджетного финансирования завоза грузов на Север; так и за счет переориентации маршрутов доставки таких грузов на южную железнодорожно-речную схему (Транссиб и сибирские реки) ввиду резко возросших по стоимости услуг ледоколов.

СМП-завоз социальных грузов становится эффективнее, так как имеет меньшие удельные затраты на тонну, когда он консолидирован в рамках разовой караванной проводки транспортных судов под руководством атомного ледокола, который делает канал чистой воды для идущих следом. Но в 1990‐е гг. этот консолидированный поток «диссипировался» в капиллярные, малые и мельчайшие, струи – каждая со своим адресатом, своей многоэтапной схемой доставки, своими экономическими интересами отправителя, экспедитора и получателя. Это привело к многочисленным перевалкам, значительному удлинению времени поставки (в пределе в Якутии до 400+ дней), но зато позволило уйти от зависимости от ледоколов, которую выдержать новые негосударственные участники этой компании не могли. Здесь речь идет о завозе продовольствия, угля, нефти и нефтепродуктов малыми и средними коммерческими структурами в районы Севера и Арктики с ограниченными сроками навигации. Что касается государственного бюджетного завоза, который продолжал осуществляться по СМП, то он радикально сократился по объемам (с нескольких миллионов в 1980‐е гг. до менее миллиона тонн в 1990‐е гг.).

Реакцией агентов экономики на кризисные условия 1990‐х гг. был уход от морской доставки социальных грузов к железнодорожно-речной схеме; одновременно завоз коммерческих грузов оставался на морской логистике, как во времена, когда единственным крупным актором здесь был «Норильский никель». Разные грузы пользовались разными схемами доставки: жизнеобеспечивающие – южной, сухопутной, корпоративные – морской. Так уже в первые годы реформы исподволь подготавливалась новая структура грузопотока по СМП, которая на последующих этапах закрепится уже на кратно более высокой планке объемов перевозок.