Итак, 01.01.1690 Провинциальный совет вновь взял власть в колонии в свои руки. Рассмотрев присланные Пенном документы, Совет единодушно остановил свой выбор на втором варианте из предложенных 25.09.1689585 и принял исполнительные полномочия на себя, в дополнение к обычным своим, то есть законодательно-инициативным. Томас Ллойд был избран председателем (президентом) Совета уже в этот день, 01.01.1690586.
В первую неделю января 1690 г. Совет несколько раз собирался, чтобы ознакомиться с обязанностями, которые он на себя теперь взял. Были оглашены письма Пенна Совету, Блэкуэллу и Маркхэму (отставленный Блэкуэлл добровольно предоставил Совету всю свою переписку – в надежде, что это будет способствовать вразумлению советников). Но после этого Совет не собирался долго, а в дальнейшем собирался крайне редко. Пенн жаловался, что ему ничего о решениях Совета не сообщают, но сообщать было, собственно говоря, нечего.
В понедельник 31 марта 1690 г. открылось первое заседание вновь избранного Провинциального совета. На следующий день численность достигла 17 чел. Томас Ллойд был вновь избран председателем (президентом). Совет принял декларацию лояльности Вильгельму и Марии и пообещал верность и покорность Уильяму Пенну. Советники занялись пересмотром старого законодательства и подготовкой новых биллей. В общей сложности 17 новых биллей были одобрены и переданы для рассмотрения фрименам в Ассамблею. По настоянию членов Совета от делавэрских графств, сессия генеральной ассамблеи была назначена в Ньюкасле.
Маркхэм представил присланную Пенном бумагу, где он просил, чтобы 600 ф. ст., принадлежавшие ему как губернатору, были использованы для строительства дома или для оформления трёх маноров для его детей. Маркхэм лично высказался за введение налога для оплаты нужд губернатора. Однако эта петиция была проигнорирована: репутация у Маркхэма была неважная, так как он по большинству позиций поддерживал Блэкуэлла. Совет перешёл к другим делам.
11 апреля 1690 г. в заседании Провинциального совета было прочитано письмо от Якоба Лейслера, который, захватив власть в колонии Нью-Йорк, фактически стал там губернатором. Лейслер просил, чтобы пенсильванцы назначили своего делегата в постоянное совещание, которое обсуждало меры защиты от французов. Однако никаких решений по этому письму принято не было.
24 апреля 1690 г. Совет собрался на сессию специально для рассмотрения петиций. Петиция пяти фрименов во главе с Маркхэмом и Лэйси Коком (Lacy Cock) требовала, чтобы на пространстве колонии была организована защита от нападений французов и индейцев. Четыре члена Совета подготовили пространный ответ на эту петицию. В ответе не было никаких упоминаний о правительственных мерах защиты колонии, однако предлагалось дать «специальную привилегию» тем, кто был в том заинтересован, обороняться на свой счёт и при условии соблюдения достаточно жёстких ограничений. Так, милиция должна была беспрекословно повиноваться гражданским властям. Когда же она находилась на сборах, то «всякая брань, божба, пьянство, дебоши и грабежи (всё это вопиющее зло, процветающее в военных лагерях и среди таких людей) должны быть строжайше запрещены и прекращены, как пагуба и позор христианства». Получив такой ответ, петиционеры отказались от дальнейших попыток587. Но когда Совет получил информацию, что Лэйси Кок планирует путешествие вверх по реке Скайлкилл, чтобы разведать, сколько вооружений и амуниции французы предоставили индейцам, Совет решил направить для тех же целей Уильяма Маркхэма и Роберта Тёрнера и закупить для индейцев подарки, которые должны были быть вручены в ходе переговоров.