В процессе следствия Сергея Маркуса запугивали, пытаясь принудить к даче показаний против его духовного отца Александра Меня и многих друзей. Маркус не признал себя виновным, а в последнем слове на суде зачитал тексты своих писем, перехваченных из тюрьмы чекистами, в доказательство того, что в них нет ничего, кроме правды. В итоге решением суда Сергей Маркус был приговорен к трем годам лагерей общего режима по статье 190 («Распространение заведомо ложных измышлений, порочащих советский государственный и общественный строй») и отбывал заключение в Туве, а религиозную литературу, упомянутую в приговоре, было постановлено сжечь. Таким образом, на протяжении следствия Сергей Маркус вел себя достаточно последовательно. Метаморфоза произошла позднее. При отбывании срока он раскаялся и в 1986 году публично выступил с призывом «отказаться от религиозного диссидентства и участвовать в „Перестройке“ на условиях диалога Церкви и государства». Как вспоминает Александр Зорин, «С. М. незадолго до своего освобождения из лагеря переслал через кого-то батюшке письмо. Большое, на 20 страницах, датированное 8 ноября… А на очередном допросе отцу А. предложили с письмом — ксерокопией — ознакомиться: „Оно адресовано вам“. Оно адресовано нам, прихожанам Новой Деревни, и потому батюшка дал мне его прочитать.

Автор сначала, как формулу приличия, приносит свои покаяния и тут же переходит к „общим“ ошибкам, общим его и его духовника. Осуждает „малые группы“, „антисоветизм“. Называет приход „нелегальной организацией“ и „подпольной церковью“. Все эти „плямбы“ он вешал на „мы“ — на себя и на адресата. Рассуждает об антиномии Духа и материи, антиномии Церкви и государства, социализме 80-х годов. Анализирует наше отношение к социализму… Словом, демагогическая инспирированная чепуха. Инспирированная собственной трусостью. В конце призыв: наложите на свою АНТИ (всякого рода) деятельность мораторий. В противном случае — идут угрозы, предупреждения.

Один из пунктов письма — попытка осмысления марксизма как передовой системы взглядов современного „рабочего“ интеллекта. Системы „прогрессивной и жизнетворной“. Марксизм-де, усваиваясь странами „третьего мира“, „оздоровляет политическую атмосферу и завоевывает пространство“. У нас была „неверная ориентация на размножение литературы, распространение Библий, катехизацию, связь с иностранцами и т. д.“. Это все ослабляет внутреннюю духовную жизнь. И в конце письма — маленькая невинная просьбишка: „Дайте это письмо прочитать Елене Владимировне“. Елена Владимировна[254] прошла сталинские лагеря и тюрьмы, почти совсем потеряла зрение, ей уже за восемьдесят. Что означает этот крючочек? Что ИМ сейчас-то от нее нужно?..