Прихожан еврейского происхождения отец Иоанн откровенно недолюбливал. Одной из таких прихожанок была регент второго хора София Рукова. Она вспоминает: «Новый настоятель о. Иоанн, сменивший прежнего, во время чтения шестопсалмия дал мне знак следовать за ним. Приведя в „сторожку“ (так мы называли церковный домик), грозно спросил (а был вдвое выше меня): „До каких пор ты будешь стоять у меня поперек дороги?!“ (Дело, кстати, происходило в субботу вечером, накануне Прощеного воскресенья.) Я на миг потеряла дар речи, потом сказала: „О чем вы, отец Иоанн, как я могу стоять у вас поперек дороги? Вам не нравится, что я регентую на левом клиросе? Так вы вольны меня заменить. Но представьте себе, как на это посмотрит народ — ведь я здесь уже около 10 лет…“ А к тому времени и все певчие, и прихожане — как москвичи, так и местные, — очень благоволили ко мне. „Сколько тебе тут платят?!“ — снова грозно спросил он. „Ничего не платят. Я же работаю, и у меня вполне достаточная зарплата. Только на именины дарят 10–15 рублей да после отпевания дают иногда один рубль на такси до станции“ (это было правдой). Он замолчал, не зная, что еще сказать, но я добавила: „Я только прошу вас — если вы замените меня кем-то другим, то позвольте мне просто петь хотя бы в самом последнем ряду среди певчих“. Он ничего не сказал, и мы вернулись в храм, где как раз кончилось чтение шестопсалмия и о. Александр уже произносил ектению. На следующий день он просил у меня прощения, как и было положено. Я полагала, что инцидент исчерпан. Но… Прошло сколько-то дней. И одна из девушек правого хора, Ю., рассказала мне, что о. Иоанн посылал ее в Патриархию к епископу, чтобы тот благословил Ю. заменить меня на левом клиросе, как того требует настоятель о. Иоанн. Епископ спросил ее: „А кто та, кого вы должны заменить?“ — „Духовная дочь о. Александра“. — „Ну тогда и будет так, как скажет о. Александр“. Ю. обо всем рассказала моему отцу, он посмеялся в усы, и я осталась на своем месте».

Еще несколько эпизодов, связанных с отцом Иоанном Клименко, описывает Владимир Ерохин: «В то время настоятелем у нас в Новой Деревне был отец Иоанн (Пер Жан, как называл его на французский манер о. Александр Мень). На Пасху Пер Жан, обведя затихший полутемный храм десницей, произнес такую проповедь: „Есть два греха: пьянство и прелюбодеяние. Все согрешили, и ни один не покаялся“. Однажды Шишкарев попал к нему на исповедь. Отец Иван не очень внимательно слушал, его мучила какая-то мысль. Наконец он перебил: „А зачем ты сюда ходишь?“ — „Как зачем? — опешил Володя. — Я православный христианин, хожу в церковь…“ — „Но ты же русский человек!“— простонал Пер Жан. „Во Христе мы все евреи“, — напомнил Шишкарев. Настоятель глубоко задумался и сказал (как раз звучала Херувимская): „Как говорил товарищ Сталин, ты ни Богу свечка, ни черту кочерга“»[251].