В Фомину субботу С. М. пожаловал к батюшке собственной персоной. И запел ту же песню: „Наш приход — среда скрытого антисоветизма, в нашем приходе осели бывшие друзья Солженицына“. — „Но знаете ли вы хотя бы одного друга Солженицына в нашем приходе?“ — спросил батюшка. „Нет, — сознался С. М., — но в нашем приходе гуляют антисоветские тексты“. — „Но где они, видели вы хотя бы один?“ — „Здесь не видел, но у меня дома были…“ <…>

„Можно ли мне по-прежнему считать себя вашим прихожанином?“ — спросил С. М. Отец А. примирительно, но однозначно ответил: „Видимо, я недостаточно убедителен был для вас в прошлом, это привело к печальным результатам. Вам нужен другой духовник“».

Не вызывает сомнений то, что ни у Никифорова, ни у Маркуса не было каких-либо заданных предпосылок к совершению злодеяний по отношению к своему духовнику и прихожанам его храма. Однако методы воздействия на подследственных, применяемые сотрудниками КГБ, мало кто смог бы вынести без последствий для окружающих. Андрей Черняк вспоминает в этой связи ответ отца Александра на вопрос о мотивах «раскаяния» священника Дмитрия Дудко: «Нас с вами там не было. Мы не знаем, как сами повели бы себя в этой ситуации. А он сидел еще при Сталине».

Во время следствия по делу Маркуса на отца Александра, Андрея Бессмертного и нескольких других прихожан Новой Деревни оказывалось давление. В частности, отцу Александру во время допросов угрожали запретом служения в московских и подмосковных приходах, многократно повторяли, что в ближайшее время будут арестованы его ближайшие последователи — Александр Борисов, Андрей Бессмертный и др.

В какой-то момент у отца Александра на фоне переживаний за приход возникло воспаление суставов, и он часто не мог спать ночами от боли. Сергей Бычков вспоминает о том, как однажды отец Александр сказал ему, что бессонными ночами обычно работает над составлением Библейского словаря. «Я в это время читал испанского писателя Мигеля де Унамуно и процитировал отцу Александру запомнившуюся мне фразу этого писателя: „У меня болит Испания“, — рассказывает Сергей Бычков. „А у меня болит Новая Деревня“, — мгновенно отреагировал отец Александр». Конечно же, он имел в виду своих прихожан, которые «попали под удар» в результате сложившейся ситуации, когда силы зла пытались сокрушить приход. Сам отец Александр стоически переносил эти испытания и «принимал удар на себя» всегда, когда это было возможно. Он свято следовал словам Христа о том, что «пастырь добрый полагает душу свою за овец своих».

«Я ни разу не видел его в плохом настроении, — вспоминает сын отца Александра Михаил. — Отец настолько был человеком жизнерадостным (и это было основано на глубоком христианском понимании мира), что даже в начале 80-х, когда происходили и обыски, и вызовы на Лубянку для допросов, — он об этих событиях, о которых можно было тогда только с содроганием рассказывать, говорил, — чтобы оградить семью, успокоить мать, — в шутливом тоне. И действительно, было ощущение, что он и из этих серьезных неприятностей, и из каких-то других ситуаций выходил победителем…»