Бывал Нилус в келии отца Даниила, «где чего-чего только не было: эскизы карандашом, этюды красками, палитры, кисти, краски, книги, иллюстрации, бутылки с фотографическими ядами… На мольберте начатая и еще не оконченная икона»432. Отец Даниил заходил к Нилусам. Но вот он стал быстро слабеть и уже не мог выходить из келии. В день своей кончины отец Даниил собрался с силами и пришел в дом скитоначальника — к отцу Варсонофию, там его ждали две его племянницы, монахини из Шамордина. Здесь он благословил их в последний раз.

Владыка Трифон однажды в беседе с паствой рассказал об отце Данииле: «К нему собралась братия проститься. “Отец Даниил, вы умираете? — спрашивали его. — Вам, вероятно, страшно умирать?” — “Да как же это может быть страшно? Ведь Спаситель зовет: Приидите ко Мне вси труждающиися — и Аз упокою вы… Ведь если Он, Милосердый, нас зовет, то может ли быть страшно? Не страшно встретить смерть, а радостно; вот если бы Он нас гнал, тогда было бы другое дело”. Примолк на несколько минут и заснул вечным сном»433.

В Летописи скита 25 ноября 1907 года записано: «Сегодня в час дня скончался скитской иеромонах отец Даниил, в мире Димитрий Михайлович Болотов… Отец Даниил сподобился сегодня утром причащения Божественных Таин и окончил жизнь по прочтении над ним отходной. Пред вечерней тело усопшего было перенесено из келии в скитской храм, а после вечерни была совершена по нем панихида отцом оптинским настоятелем архимандритом Ксенофонтом соборне с скитоначальником игуменом Варсонофием и иеромонахом отцом Нектарием». 26-го: «Сегодня по совершении в скитском храме литургии была отслужена панихида по почившем иеромонахе Данииле и затем гроб с его телом был перенесен скитской братией в монастырь, где имеет совершиться погребение покойного согласно желанию его родственников». 27-го: «В монастырском Казанском соборе позднюю литургию служил отец настоятель архимандрит Ксенофонт, которым затем соборне с отцом скитоначальником и несколькими иеромонахами было совершено отпевание покойного иеромонаха Даниила в присутствии монастырской и скитской братии и родных усопшего. Тело его погребено против алтаря Введенского собора»434.

Кроме отца Даниила, отошли ко Господу в 1907 году души и других скитян. 29 июня в монастырской больнице умер восьмидесятитрехлетний схимонах Памфил. 8 октября скончался иеросхимонах отец Иона («Жил в обители около 60 лет и никуда из нее не отлучался. Последние годы проводил безвыходно в келии. <…> Перед кончиною сидя читал Псалтирь»435.). 3 декабря: «Сего числа в 11-м часу вечера в скиту скончался старичок-схимонах отец Николай (Книжников) после продолжительной болезни. Покойный отличался любовию к уединению, усердием к посещению церковных служб и скитских правил, несмотря на преклонные годы и болезнь ног»436. А двое послушников — Косьма и Иоанн — были убиты грабителями 21 декабря на скитской мельнице, где они трудились по послушанию. Отпевали их в навечерие праздника Рождества Христова.