Впрочем, вплоть до Х века борьба христиан с еретиками не носила массового характера, каковой она приобрела с появлением катар. Начиная с Х-XI вв. церковь все охотнее обращается к насильственным мерам против еретиков, чем к средствам их увещания. Наиболее строгими наказаниями уже в ту пору были конфискация имущества и сожжение на костре.

Последний отголосок евангельской традиции милосердия мы обнаруживаем в письме люттихского епископа Вазона (1048): «Господь не хочет смерти грешника… Довольно костров! Не будем убивать мечом тех, кого наш Создатель и искупитель оставляет жить, чтобы они вырвались из пут демона…» Впрочем, призыв Вазона запоздал: в 1022 году король Роберт Благочестивый уже зажег первые инквизиторские костры в Орлеане.

Теоретиком инквизиции стал самый выдающийся философ и теолог Средневековья Фома Аквинский (1227–1274), который в знаменитой «Summa Theologiae» писал: «Ересь есть грех, за который виновный не только должен быть отлучен от Церкви, но и изъят из мира смертью. Если еретик упорствует в своем заблуждении, то Церковь, потеряв надежду на его спасение, должна заботиться о спасении души людей и отсечь его от себя путем отлучения; а затем она предоставляет его светскому судье, дабы он изгнал его из этого мира смертью». Фома Аквинский считал ересь бóльшим преступлением, чем оскорбление государя и рекомендовал заживо сжигать еретиков, лицемерно заявляя о нежелательности проливать кровь осужденных еретиков. Начиная со второй половины XIII в. инквизиционные костры запылали во многих европейских странах.

В роли инквизиторов, уполномоченных папой привлекать к ответственности, рассматривать дела вероотступников, выносить и осуществлять приговоры, обычно выступали руководители монашеских орденов, епископы и архиепископы, кардиналы и папские легаты. Любопытно, что верховный инквизиционный трибунал, учрежденный в Риме папой Павлом III в 1543 г. под названием Конгрегации священной тайной канцелярии просуществовал вплоть до II Ватиканского собора (1962–1965 гг.).

Наказание еретиков сожжением на костре было введено в светское законодательство многих стран в XII–XIII вв. Для оправдания этого обычно ссылались на «божественные» законы. Так получила «теоретическое» обоснование длившаяся несколько веков церковная программа «заботы о спасении душ». У инквизиторов была своя логика, восходящая к Библии. Скажем, Людвиг Парамо в 1598 году провозгласил Бога первым инквизитором, наказавшим Адама и Еву изгнанием из Рая за непослушание. Отталкиваясь от известного текста «Pasсe oves meas» и «Евангелия от Иоанна» (Ин. 15:6), он и Христа объявил идеологом инквизиции.