Инквизиция не только предоставляла слово обвиняемому, но требовала от обвинителя ясных и однозначных доказательств… Следует признать, что инквизиционный суд выносил большое количество оправдательных приговоров: «В первые полстолетия своей деятельности инквизиторы приговаривали к смерти на костре до 40 % всех судимых. Впоследствии этот процент снизился до 3–4 %». В третьих, по окончании инквизиционного процесса обвиняемые имели право апеллировать к верховному инквизиционному трибуналу или к папе, причем заступничество богатых друзей (осужденный и ограбленный инквизиторами подсудимый значительными денежными суммами уже не располагал) нередко решало дело в пользу обвиняемого. Наконец, в-четвертых, по словам С. Г. Лозинского, нельзя судить об инквизиции по отдельным изуверам, — потому что дело не в лицах, а в учреждении.

Инквизиция выражала присущий эпохе дух абсолютизма и неизбежно должна была погибнуть при первом серьезном столкновении с новым духом либеральных идей, как и христианские реакционеры вряд ли были способны выстоять перед напором идей нового сознания.

Начало деятельности инквизиции как особого церковного суда католической церкви для борьбы с ересью и свободомыслием было положено папой Иннокентием III (1198–1216). Как официальный церковный орган она действовала во многих европейских странах с XIII по XIX в.

Создание инквизиции Иннокентий III обосновал необходимостью укрепления авторитета церкви и папской власти путем искоренения ереси. В 1199 г. папа Иннокентий III уполномочил двух цистерианских монахов Гюи и Ренье объездить в качестве папских легатов диоцезы южной Франции и Испании для искоренения ереси вальденсов и катаров. В 1204 г. он поручил ордену цистерианцев истребить альбигойскую ересь на юге Франции. Предписание возможно строже обходиться с еретиками привело в 1209 г. к убийству Петра Кастельно, что послужило сигналом к кровавой и опустошительной борьбе, известной как альбигойские войны. С целью уничтожения еретиков был организован крестовый поход на северофранцузских рыцарей (т. н. альбигойские войны, 1209–1229). Отнятые у альбигойцев земли были розданы крестоносцам. Несмотря на крестовый поход Симона Монфора, ересь продолжала упорно держаться, пока против нее не выступил основатель ордена доминиканцев. В заведование этого ордена всюду перешли инквизиционные суды, после того как последние были изъяты папой Григорием IX из епископской юрисдикции.

Вопрос искоренения ереси обсуждал IV Лютеранский собор (1215), решения которого были положены в основу деятельности инквизиции. В XIII в. инквизиционные трибуналы были учреждены на юге Франции, в Италии, Германии, Испании, Португалии и позже в других странах Европы. Испанцы и португальцы ввели их также в своих южноамериканских владениях. Верховным главой инквизиции являлся Папа Римский. Члены инквизиционных трибуналов не подчинялись светской власти и целиком зависели от папы.