Церковная и светская власти паразитировали на самых низменных чувствах масс — зависти, мести и корыстолюбии — ведь имущество казнимых доставалось доносчикам и властям. Укрепление государства осуществлялось самым примитивным образом — конфискацией имущества осужденных (часть его шла в фонд, из которого черпались средства для содержания инквизиционных трибуналов).
Душой, творцом и идеологом испанской инквизиции стал духовник королевы Изабеллы доминиканец Томас Торквемада. Он возглавлял инквизиционный трибунал в течение первых 18 лет после его создания. Это был жестокий, коварный и мстительный фанатик-изувер, видевший основную цель жизни в истреблении марранов, которых считал виновными в вероотступничестве. Благодаря колоссальной энергии и доверию Изабеллы и Фердинанда «идеальный инквизитор» стал подлинным диктатором Испании, пред которым трепетали не только его жертвы, но и его сторонники и почитатели.
В 1478 году вышла булла папы Сикста IV, разрешавшая католическим королям установление новой инквизиции. Уже в 1481 г. были преданы казни 298 еретиков, а в период 1481–1498 гг. — около 8800 человек было сожжено на кострах и 90 000 «еретиков» подверглось конфискации имущества и иным церковным наказаниям. Испанский король Филипп II мог с полным основанием похваляться: «Двадцать служащих инквизиции держат мое королевство в покое».
В 1487 г. председатель инквизиционного суда прирейнских провинций Яков Шпренгер (в соавторстве с приором Генрихом Инститорисом) свел инквизиторские инструкции в единый обширный кодекс под названием «Молот ведьм», который стал руководством для ведения процессов над ведьмами. Несколькими годами раньше папа Иннокентий VIII издал буллу, которая предписывала беспощадно истреблять чародеев и колдуний. «Труд» Шпренгера стал весьма популярным среди инквизиторов всех стран и за короткое время выдержал 13 изданий. В XVI–XVII вв. этими наставлениями по допросу ведьм снабжались все германские государства. Разгар массовой «охоты на ведьм» пришелся на середину XVI столетия.
Охота на ведьм, процессы и казни женщин, обвиненных в ведовстве, продолжались до второй половины XVIII века и прекратились только тогда, когда могущество средневековой католической церкви было резко подорвано ее собственной деятельностью — еще один симптом наступающего заката. Последние казни ведьм и колдунов датируются: в Голландии — 1610-м, в Англии — 1684-м, в Америке — 1692-м, в Шотландии — 1727-м, во Франции — 1745-м, в Германии — 1775-м, в Швейцарии — 1782-м, в Польше — 1793-м, а в Испании — 1826 годом.