Дело о наказании основывалось на двух предпосылках. Первая связывалась с тем, что истина открыта всем здравомыслящим людям. Во-вторых, что государство не может существовать, если в нем бытует несколько религий. Терпимость не установилась до тех пор, пока оба этих утверждения со временем не оказались ошибочными.

Одновременно началось тайное брожение в разных европейских церквах, например в Базеле, в одном или двух польских городах, позже в том же столетии в Голландии. Теоретики, обладавшие оригинальными взглядами, выступили с требованием большей терпимости, пытаясь утвердить эти требования на разумных основаниях.

Часто они находились под влиянием анабаптистов или других радикальных групп, соглашавшихся, что, поскольку царство Христа на этом свете отсутствует, магистраты не должны вмешиваться в религиозные проблемы.

Себастьян Кастеллио (Касталио, латинизированное Шатильон или Шатийон) бежал в Женеву в поисках убежища, но ему отказали в рукоположении, потому что Кальвин сомневался в его взглядах. Кастеллио переехал в Базель, где после нескольких лет нищеты стал преподавать греческий. Его подозревали в различных ересях, даже в Базеле, и Себастьян продолжал оставаться под подозрением вплоть до своей смерти в 1563 году.

Потрясенный смертью Сервета, он решился напечатать самый значительный манифест XVI века в защиту терпимости — «Разве еретиков следует казнить?». Беза не без оснований рассматривал Кастеллио как своего главного оппонента.

По форме книга представляет собой собрание цитат, а Кастеллио выступает как ее редактор, однако некоторые из самых отточенных цитат исходят от никому не известных авторов, что дает основания предположить, что «редактор» написал их сам в соответствии с поставленной целью.

Доводы Кастеллио не существенны. Действительно, он почти никого не смог убедить выступить против Кальвина или Безы. Это не мотивированное изучение политической мысли, но простой крик, исходящий из христианского сердца и сознания. Кем же был Иисус Христос? И как христиане, которые являются Его подражателями, ведут себя в отношениях друг с другом?

«О Христос, создатель и правитель мира, видишь? Не становишься ли Ты иным, чем я сам, настолько жестким, столь отличным от меня? Когда Ты жил на земле, никто не был более кротким, милосердным, терпимым… Люди наказывали Тебя, плевали на Тебя, насмехались над Тобой, увенчали Тебя шипами, распяли среди воров, Ты же молился за тех, кто поступали дурно. Почему же теперь Ты так переменился? Если Ты, Христос, велел провести эти казни и пытки, тогда что же Ты оставил дьяволу?»