Самая искусная защита практики преследований в XVII веке исходила от шотландского пресвитерианца Самуэля Резерфорда («Некоторые возражения против предполагаемой свободы сознания», 1649). В Италии в конце 1832 года папа Григорий XVI осудил свободу сознания, назвав ее «сумасшествием». Те страны, где большинство населения исповедовало одну веру, вовсе не оказались среди тех, кто быстрее других продвигался к терпимости.

Однако в Германии, Франции, Польше и в Англии Реформация не смогла полностью восторжествовать, как произошло в свое время с протестантизмом, одержавшим победу в Шотландии, или католицизмом, победившим в Испании. В этих странах духовенство продолжало беспокоиться по данному поводу, и католики, и протестанты допускали значительные допущения.

Если мы поставим проблему (как это делают научные школы), то спросим вместе с протестантами следующее. Если месса привязана к культу, всегда ли мы совершаем грех, допуская подобное? Задумаемся и вместе с католиками, утверждавшими, что ересь — зло. Тогда всегда ли греховен католический правитель, если он терпимо относится к еретикам, проживающим на его территории? Многие мыслители отвечали утвердительно. Да, но при всем прочем серьезным грехом являются проявления идолопоклонства или ереси.

Однако многие считали, что подобное жесткое заключение носит оскорбительный характер. Мартин Беканус (голландец по происхождению), немецкий профессор, умерший в 1624 году, считал, что подобное заключение продиктовано скорее рвением, нежели разумом. Предположим, что еретики станут слишком многочисленными, чтобы их можно было подавить. Тогда для католицизма будет более гибельным, если правитель начнет искать средства, как их усмирить, вместо того чтобы проявить в их отношении терпимость.

Существует и альтернатива, но, даже если правитель сможет успешно уничтожить еретиков, он своей милостью к ним принесет больше добра. Если же протестанты не будут терпимыми, то католики станут более яростными в своей вере, отказывая себе во всем, выкажут преданность своим идеалам и дадут лучших миссионеров своей веры. Таким образом, мы видим, что в подобных условиях появляется много обстоятельств, когда лучше будет проявить терпимость, чем готовность к сожжению, провоцирующую яростный ответ.

Теперь стало очевидным, что Нантский эдикт и последствия разделенных Франции и Германии начали расширять кругозор религиозных школ. Лютеранин Герхард искренне высказался о произошедшем в своей Loci Theologici 1619 года (книга 27). Если королевство едино, терпимость не проявляется, да и не нужна. Если оно разделено, то правитель должен включить терпимость в практику своей политики вместе с борьбой за объединение. Лучше будет, если государство останется разъединенным по религии, чем перестанет быть объединенным политически, то есть распадется. Именно француз Жанен заявил, что мир с двумя религиями лучше, чем война, которая ничего не несет.