Сопротивление христианской мысли, которую представляли Византия и Антиохия, привело к расколам, «ересям» с ортодоксальной точки зрения. Как и в случае с языком, эти расколы в определенной степени выражали национальное пробуждение. После веков погружения в греческую культуру греческий дух наконец заявил о себе. Сирийцы как народ теперь были не более эллинизированы, чем раньше латинизированы. Их отчуждение от византийских правителей вызывалось не только идеологическими, но и политическими и экономическими причинами. Византийское правление было более деспотичным, налоги – более тяжелыми. Они разоружали местных жителей и мало заботились об их чувствах. Даже в религиозных вопросах они проявляли меньшую терпимость, чем их предшественники-язычники.

Богословские споры для интеллигенции IV и V веков были как воздух. Они сосредоточились на природе Христа и родственных темах, которые больше уж не волнуют умы христиан. В итоге возникло великое множество ересей и течений мысли, и в некоторых из них отражалось применение Аристотелевой логики и неоплатонических принципов. Между тем в христианских общинах складывались культы, родственные зороастризму и буддизму. Златоуст упоминает антиохийскую секту, члены которой верили в переселение душ и носили желтые одежды. Самой опасной среди новых распространявшихся с Востока религий было манихейство, основанное Мани около 246 года н. э. За свою веру Мани умер на распятии. Его религия, объединившая христианские, буддийские и зороастрийские догматы в одну синкретическую систему, в византийскую эпоху разошлась от Персии до Испании, а его «заблуждения» взволновали сирийских отцов, как никакие другие.

Главные поборники этих так называемых ересей были сирийцами по рождению или образованию. Их ряд начался в IV веке с Ария, чье вероучение осудили на Никейском соборе, однако оно сохранило большое влияние как в богословском, так и в политическом плане. Выступая против арианства с его акцентом на человечности Христа, Аполлинарий, епископ Лаодикийский (умер ок. 390 г.), утверждал, что, хотя Христос имел истинное человеческое тело и истинно человеческую душу (часть человека, присущую и ему, и животным), Логос, или Слово, занимал в нем место духа, который является высшей частью человека. В своих рассуждениях Аполлинарий явно прибег к неоплатонической доктрине о том, что человеческая природа состоит из трех элементов – тела, души (которая оживляет) и духа (которая дает человеку разум и отличает его от животных). Аполлинаризм связывает арианство и несторианство, отрицая одно и прокладывая путь для другого.