Несторий родился в Восточной Киликии и жил в монастыре возле Антиохии. В 428 году он стал епископом Константинополя с подачи императора Феодосия II, который таким образом рассчитывал привезти из Антиохии второго Златоуста. Однако в 431 году был осужден на Эфесском соборе. Возражения вызвала его идея о том, что в Иисусе божественное (Логос) и человеческое сочетались в совершенной гармонии воли, но не в единстве одной личности. У Нестория было много последователей, которые и являются настоящими несторианами.

Так называемые несториане Персии появились позднее. Точнее сказать, они составляли церковь Востока, как она гордо именует себя. Эта церковь существовала с апостольских времен; у нее до сих пор есть приверженцы. Отрезанные от Римской империи, они выработали свои местные учения и обряды. Нестория они числят среди греческих, а не сирийских отцов. Нельзя отрицать, что некоторые из мыслителей этой церкви пользовались явно несторианским языком, однако он самым явным образом отсутствует в ее литургическом и синодическом словаре. В последующие времена у этой церкви хватило энергии и жизненных сил, чтобы отправлять своих миссионеров в Индию и Китай.

После несторианства величайшей схизмой, постигшей Восточную церковь, стало монофизитство. Строго говоря, к монофизитам относились те, кто не принимал доктрину о двух природах (божественной и человеческой) в одном лице Иисуса, сформулированную Халкидонским собором (451 н. э.). Их кредо гласило: «Одна природа воплощенного Слова Божьего». Другими словами, монофизиты утверждали, что человеческое и божественное в Христе составляют одну, но сложную природу. Отсюда и их название.

В конце V – начале VI века монофизитство завоевало в свои ряды большую часть Северной Сирии и унаследовало паству Аполлинария на юге. Его успех во многом обусловлен был проповедническим рвением сирийского монаха Барсаумы (не путать с Барсаумой, несторианским епископом Нисибиса, ок. 484–489), и личностью патриарха Антиохийского Севира (512–518). Симеон Столпник, как утверждают монофизиты, был их единомышленником. Той же доктрины придерживались Гассаниды и другие сирийские арабы. Монофизитскую церковь в Сирии создал Иаков Барадей (Барадай), возведенный в сан епископа Эдессы около 541 года и умерший в 578 году. В честь него сирийские монофизиты стали называться яковитами. Таким образом западная часть Сирийской церкви полностью отделилась от восточной.

Из Сирии монофизитская доктрина распространилась на север в Армению и на юг в Египет. Армяне и копты по сей день придерживаются монофизитской теологии. В Сирии и Месопотамии число ее приверженцев неуклонно шло на убыль с тех самых пор, как доминирующей силой в этих землях стал ислам.