Перейдя через Тавр, вожди крестоносцев начали ссориться между собой и каждый для себя планировать локальные завоевания. Балдуин, один из предводителей лотарингийцев из Рейнланда, повернул на восток, на заселенные христианами земли. Там в начале 1098 года он оккупировал Ар-Руху (Эдессу), тогда находившуюся в руках армян. Таким образом было основано первое латинское государство – Эдесское графство во главе с графом Балдуином. Этот будущий иерусалимский король женился на армянской принцессе и временно обосновался на севере. Другой вождь крестоносцев Танкред, один из предводителей норманнов Южной Италии и Сицилии, повернул на запад в Киликию, которую также в основном населяли армяне с примесью греков. Он оккупировал Тарс и окружающую область.

Тем временем основная часть крестоносной рати хлынула в Сирию, ее главную цель. Северная Сирия, как отмечалось выше, находилась под властью фактически независимых сельджукских эмиров; Южная Сирия – под властью фатимидских халифов. Вся эта земля на протяжении многих лет была яблоком раздора между тюрками-суннитами и египтянами-шиитами. Остальные ее части занимали местные арабские князьки. Например, Триполи с прилегающим районом с 1089 года находился под властью шиитского бану аммар; Шайзар на Оронте с 1081 года принадлежал бану мункиз. Местные распри, зависть между братьями, проблемы династической преемственности порождали хроническое состояние политической нестабильности. Сами местные жители отнюдь не были способны выступить против врага единым фронтом. Страну заполонили раскольнические общины: друзы на юге Ливана, нусайриты в северных горах Сирии, исмаилиты, а позже и ассасины в глубине страны за нусайритами. А среди христиан марониты Северного Ливана все еще говорили на сирийском языке.

Антиохия была первым сирийским городом на пути армии крестоносцев. В ней правил сельджукский эмир Яги-Сиян, получивший свое назначение от третьего Великого сельджука (после Тогрула и Алп-Арслана), Мелик-шаха Багдадского. Как колыбель первой организованной христианской церкви этот город представлял особое значение для крестоносцев. Осада была долгой и тяжкой (2 октября 1097 г. – 3 июня 1098 г.). Европейцы отразили Ридвана из Алеппо и Дукака из Дамаска, пытавшихся прийти на помощь городу. Операциями руководил Боэмунд, родственник Танкреда и вождь норманнов, при поддержке итальянского флота, который в этом и в последующих случаях доставлял продовольствие и машины для осады укрепленных городов на побережье или вблизи него. Однако судьбу Антиохии решила измена со стороны недовольного армянского командира одной из башен.