Хотя режим мамлюков был единственным в своем роде, их администрация была лишь продолжением системы, сложившейся при Фатимидах и Аббасидах. Сирия была разделена на полдюжины провинций (ед. ч. нийяба) по образцу административного деления при Айюбидах. Это были Алеппо, Хама, Дамаск, Триполи, Сафад и Эль-Карак. Губернаторы провинций, когда-то рабы того или иного султана, как правило, набирались из военного сословия (арбаб ас-суйуф, «повелители меча»), в отличие от образованного класса (арбаб аль-аклам, «повелители калама»). В целом они не зависели друг от друга, и у каждого был свой двор, в уменьшенном масштабе воспроизводящий двор в Каире. Столичные распри и беспорядки часто находили отражение в провинциях. Смена мамлюкского султана обычно приводила к восстанию со стороны наместника Дамаска или другой сирийской провинции. Ливанский Гарб передали местным вождям, Бухтуридам из племени танух.

Благодаря своей долгой истории Дамаск, где Бейбарс, создатель мамлюкского султаната, часто держал свой двор, имел преимущество перед другими провинциями. Один из его наместников Тенгиз (1312–1339) был признан регентом Сирии в третье правление ан-Насира. Его провинция (Мамлакат Димашк, Дамасское царство) охватывала всю Палестину, за исключением мелких провинций Сафад и Эль-Карак, и простиралась на север до Бейрута, Химса и Тадмора. Тенгиз провел воду в Иерусалим и восстановил бейрутскую башню (бурдж), где также построил дома для путников (ед. ч. хан) и общественные бани. После необычайно долгого и благодетельного правления он впал в немилость и был казнен в александрийской тюрьме.

Почти вся эра мамлюков была отмечена периодами засухи, голода и эпидемий. Землетрясения тоже внесли свою лепту в общую разруху. Страницы летописей той эпохи усыпаны рассказами о горестях и бедствиях. Выдающийся историк того времени аль-Макризи посвятил целый труд голоду в Египте 1405 года, когда он писал. Ибн Тагриберди сообщает по крайней мере о четырех страшных поветриях чумы в XIV веке (1348–1349, 1359–1361, 1362–1363, 1389). За XV век в различных хрониках зафиксировано не менее четырнадцати серьезных эпидемий, в среднем по одной раз в семь лет. «Черная смерть» (аль-фана аль-кабир), которая в 1348–1349 годах выкосила Европу, в Египте длилась семь лет. Ее жертвами в одной только столице, по подсчетам Ибн Ийяса, стало невероятное число горожан – 900 тысяч человек. Сообщается, что в Газе в месяц умирало 22 тысячи человек, а в Алеппо – в среднем по 500 человек в день. Значительную долю умерших составляли иностранцы и дети с недостаточно сильным иммунитетом. По оценкам, из-за этих бедствий и злоупотреблений при мамлюках население Египта и Сирии в целом сократилось примерно до одной трети от своей прежней величины.