Монгольскую угрозу удалось предотвратить лишь на время. Движимые не вполне еще установленными силами из своих мест обитания в Средней Азии, где они кочевали вплоть до границ Китайской империи, монголы приходили волнами, отчасти напоминающими нашествия семитов и тевтонов древности. Сын и преемник Хулагу Абака, избравший своей столицей Тебриз, возобновил наступление на Сирию. В то время монголы заигрывали с христианством, и Абака вступил в переговоры с римским папой, английским королем Эдуардом I и другими европейскими монархами, призывая к новому крестовому походу, дабы изгнать мамлюков из Сирии. Несмотря на численное превосходство и пополнение из числа армян, грузин и персов, монгольская армия была с большими потерями разбита при Химсе в 1280 году. Поколебавшись между двумя религиями некоторое время, монголы перешли на сторону ислама, да там и остались. Это вторжение произошло при Калауне (1279–1290), еще одном выдающемся мамлюкском султане после Бейбарса. Как и его предшественник, Калаун был рабом-тюрком, и его прозвище аль-Альфи (Тысячник) указывает заплаченную за него высокую цену в тысячу динаров.

Когда седьмой ильхан Газан Махмуд, воспитанный в буддизме, принял ислам и сделал его государственной религией, это не избавило Сирию от новых вторжений, и их последовало два. Они стали последними в этом ряду. Первое пришлось на конец 1299 года, и вторгшиеся рати, насчитывавшие, по утверждению летописцев, сто тысяч человек, в том числе армян, грузин и франков с Кипра, разбили египетскую армию численностью примерно в одну треть от них к востоку от Химса. В то время султаном над мамлюками был ан-Насир, сын и второй по счету преемник Калауна. Он отличился тем, что правил трижды (1293–1294, 1298–1308, 1309–1340), и охватил более долгий период, чем любой другой султан в анналах мамлюков. Продолжая свой победоносный поход, монголы несли разрушение и опустошение по всей Северной Сирии и в начале 1300 года заняли Дамаск, хотя его цитадель устояла. От большей части города, включая его пригород Ас-Салихию, они не оставили камня на камне. Газану пришлось вернуться в Персию из-за восстания, но его войска проникли на юг вплоть до Газы. Затем египетская армия перешла в наступление, отбросила монголов и в 1303 году нанесла им серьезное поражение в исторической битве при Мардж-ас-Саффаре южнее Дамаска. Абу-ль-Фида, которому позднее его друг ан-Насир вернул наследственные владения в Хаме, поставлял сведения из родного города египетским войскам и сообщал о передвижениях монголов. Таким образом, четвертая попытка монголов завоевать Сирию окончилась крахом. Мамлюки победили самого стойкого и опасного врага, с которым приходилось сталкиваться Египту с самого зарождения ислама.