В конце 1212 г. германские феодалы признали Фридриха королем, а через 8 лет императором Священной Римской империи папа провозгласил его маленького сына Генриха. Отец был категорически против и добился того, чтобы в Риме короновали все-таки его. Полнейшее непонимание между императором и папой возникло из-за того, что последний на роль главы Константинополя выбрал Пьера де Куртенэ. К тому же Фридрих вызвал недовольство папы тем, что способствовал открытию Неаполитанского университета, обучавшего без папского благословения.
Король Сицилии и Германии был выдающимся политиком. Мало кто в ту эпоху обладал аналогичным умением лавировать между разными политическими силами. Пожалуй, наиболее ярким примером служат его маневры по использованию в своих целях религиозной идеи.
Фридрих относился ко всем вероисповеданиям достаточно лояльно, однако для достижения какой-либо политической цели мог жестоко расправляться с еретиками, чтобы добиться от папы необходимой уступки. Король регулярно обещал Риму новый Крестовый поход и на этом основании требовал от североитальянских городов большей уступчивости. Конечной же целью являлось объединение всех возможных ресурсов против папы.
Личность Фридриха II отличалась крайней противоречивостью: с одной стороны, отважный воин, талантливый военачальник и стратег, авантюрист, а с другой – покровитель искусств и наук, который пекся о развитии естествознания, охотно учился математике и медицине, временами практикуясь в хирургии. Считается, что он даже открыл новые лекарства.
Период правления Фридриха II характеризуется тяжелым конфликтом со Святым престолом. В намерения короля входило овладение всей Италией, следствием чего стало его противостояние с папами римскими, а также конфликт городов севера и юга Италии. Не единожды Фридриха отлучали от Церкви, насылали на него проклятия, даже именовали антихристом. Впрочем, его мало трогали словесные нападки, поскольку он искренне считал себя наместником Бога и повелителем мира.