Папа всеми силами старался не допустить объединения под властью Фридриха Германии одновременно с Сицилией. Когда-то король принял на себя такое обязательство, обещав усадить на германский трон Генриха и дать ему полную независимость. Фридрих нарушил обещание, сделав Генриха лишь герцогом Швабским. Теперь император мог пользоваться военной мощью Германии и ресурсами Сицилии.

Чтобы развязать себе руки в Италии, Фридрих предоставил немецким князьям практически полную свободу действий. Поскольку для Фридриха Германия всегда была чужой страной, то и политика по отношению к разным частям его империи была различной. В Германии король был всего 3 раза и оставался там недолго. А в Южной Италии Фридрих проводил разумную политику. Укреплял государственный строй, осуществлял преобразования в административной и военной сферах, развивал средиземноморскую торговлю и пр. Попытка взять под контроль и Северную Италию не увенчалась успехом – помешал папа римский.

В 1229 г. император поучаствовал в Шестом крестовом походе. На Востоке он проявил себя истинным дипломатом, добившись переговорами (папские посланники всячески этому препятствовали) с египетским султаном аль-Камилем того, чего крестоносцы не могли сделать мечами: передачи под контроль христиан городов Вифлеем, Назарет, Сидон, Иерусалим (кроме мечети) и паломнического пути. К святыням получили свободный доступ как христиане, так и мусульмане. В храме Гроба Господня Фридрих сделался королем Иерусалимским, собственноручно возложив на себя корону. Египетскому султану дали обещание, что отныне поддержки палестинским мусульманам в их борьбе против султана не будет.

Но папа римский категорически не желал признавать равенства христиан с «неверными», поэтому запретил паломникам посещать святые места и подстрекал палестинскую знать (особенно духовно-рыцарский орден тамплиеров) к противостоянию Фридриху. Папа даже собирал армии, которым в боях не везло – в конце концов Фридрих разобрался с папскими наемниками, очистив от них Италию. После чего отлучение императора отменили и вернули его в лоно Церкви. Правда, ненадолго. В 1239 г. история повторилась, а в 1245 г. на Вселенском соборе с Фридриха «сняли» императорскую корону.

В 1250 г. Фридрих II скончался. Вместе с ним увяла и политика германских императоров относительно Италии.

Любопытно, что в начале 1241 г. в Европу вторглись монголы, дойдя до границ Южной Германии, но Фридрих не стал с ними воевать, хотя и призывал остальных христианских правителей подняться на защиту Европы. В результате венгры были разбиты, но, призвав на помощь австрийцев и чехов, заставили монголов повернуть обратно на Восток.