С трудом Ольденбургу удалось добиться, чтобы большинство академиков поддержало эту просьбу. Против выступило несколько вновь избранных, и один из них – языковед П.Н. Сакулин, написал письмо Ольденбургу, объясняя, почему он поднял руку «против»: «Важно не только установить отношения с партийной группой ученых, но и сделать эти отношения нормальными. Совершенно очевидно, что данная группа входит в Академию не для того, чтобы работать в ней, а для того, чтобы контролировать и руководить… этому самым решительным образом нужно противопоставить свободу научной мысли». Делегация АН была вызвана в Москву, на заседание Совнаркома. Наиболее резко выступал Куйбышев, к тому времени не только председатель ВСНХ, но и член Политбюро. Он требовал действовать против Академии «огнем и мечом» и просто-напросто ее закрыть. Большинство СНК все же решило позволить произвести перебаллотировку. Важно было поставить АН на колени.

Газеты задавали тон: «На двенадцатом году пролетарской диктатуры пора уничтожить старый гнилой пережиток тайных баллотировок. В Советской Республике каждый честный гражданин должен голосовать открыто»; «Мы требуем, чтобы вся деятельность Академии наук проходила под контролем пролетарской общественности».

Спасая АН, академики 13 февраля все же приняли «тройку» в свою среду. Но мир не наступил. Сделать Академию до конца покорной не удалось. Из-за того, что самыми крупными фигурами из принятых в нее коммунистов были Бухарин и Рязанов, как раз тогда попавшие в сталинскую опалу, АН на короткое время стала оплотом плюрализма.

Хирургическое вмешательство стало неизбежным. Одним из самых последовательных сторонников жесткого курса был М.Н. Покровский, ставший в январе 1929 г. академиком, а в апреле того же года заявивший: «Период мирного сожительства с наукой буржуазной изжит до конца». Кстати, он, как и Рязанов, от выборов в академики отказывался, но, так как они были «проходными» (широко печатались), то Политбюро в порядке партийной дисциплины заставило их баллотироваться.

Немедленно после избрания Покровский стал призывать распустить Академию (а средства и персонал, занимающийся общественными науками, передать в подконтрольные ему институты). Покровский, в то время уже заболевший раком, последние два года жизни потратил на уничтожение (в том числе физическое) своих противников в науке. Для этого их не нужно было расстреливать – некоторых достаточно было сослать в провинциальные города, где работа им не предоставлялась, без книг и архивов академикам делать было нечего, а нужная врачебная помощь и уход отсутствовали.