Трассу магистрали протяженностью 1513 километров определили по маршруту: Чита – Маньчжурия – Харбин – Суйфыньхэ с ответвлением от Харбина на юг до Люйшуня (Порт-Артура) протяженностью еще 1014 километров.

Центральным пунктом управления работами по строительству железной дороги стал поселок Сунгари, переименованный позднее в Харбин.

10 мая 1897 года правление Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) приняло решение «учредить для КВЖД особую охранную стражу», в задачу которой входила охрана железной дороги на всем ее протяжении силами постов до пяти человек и охрана судоходства на реке Сунгари от Хабаровска до Харбина.

В России известие о прокладке железнодорожной трассы из Забайкалья в Приморье через китайскую территорию приветствовали не все.

По первоначальному варианту магистраль планировалось провести вдоль берега Амура до Хабаровска и далее вдоль Уссури к Владивостоку. Такой маршрут являлся стержневой инфраструктурной основой освоения природных ресурсов и социально-экономического развития Забайкальского и Дальневосточного регионов России, планирования построения территориально-производственных комплексов, качественного и количественного улучшения снабжения населения и войск Приамурского военного округа. Приамурский генерал-губернатор и командующий войсками Приамурского военного округа генерал-лейтенант Сергей Михайлович Духовской неустанно отмечал и подчеркивал «колонизационное и базоустроительное» значение прокладки восточной части Транссиба по российской территории вдоль Амура даже в случае вероятного присоединения Маньчжурии к России.

Ошибочность строительства КВЖД признавалась не только военными. Спустя несколько лет после введения дороги в эксплуатацию стали очевидны ее негативные для России экономические последствия. Русский мыслитель-патриот, публицист и обозреватель газеты «Новое время» Михаил Осипович Меньшиков писал: «Построенная нами внутрь Китая дорога убивает наше Приамурье: именно она сделалась каналом, по которому текут к нам неодолимые в смысле конкуренции дешевые желтые рабочие руки и дешевый хлеб».

Подогреваемый личным интересом министр финансов Витте утверждал, что наличие железнодорожной трассы явится именно тем фактором, благодаря которому Россия сможет осуществить мягкую экспансию приграничной Маньчжурии, получить доступ к незамерзающим портам и, соответственно, рынкам сбыта продукции в Азиатско-Тихоокеанском регионе.

Понятно, что министр финансов империи и периферийный генерал-губернатор-фигуры по политическому весу и влиянию на правительство и двор НЕСОИЗМЕРИМЫЕ.