Несмотря на бешеную энергию, его деятельность не отличалась организованностью и целеустремленностью. «За умеренностью и мягкостью указов императора, – писал в Вену граф Мерси, – не было ничего четкого и определенного. Он был умен, но слишком мало занимался делами, почти не высказывал серьезных суждений и постоянно находился во власти предрассудков. Его поведение часто отличалось горячностью, жестокостью и иррациональностью». Несколько дней спустя Мерси добавил: «Я не вижу никого, у кого хватило бы достаточно рвения и мужества противостоять неистовому и упрямому нраву монарха. Ради личной выгоды все поощряют его упрямство».

Серьезный конфликт возник, когда Петр попытался реорганизовать традиционные институты Российской империи. Он не испытывал особой симпатии к православной церкви. С тех пор как Петр приехал в Россию восемнадцать лет назад, он ненавидел это направление христианства, которое его заставили принять. Он считал, что доктрины и догмы православной церкви были всего лишь суевериями, православные службы казались смехотворными, священники – ничтожными, а церковное богатство – неприличным. В Гольштейне он исповедовал лютеранство. Теперь, став императором и главой православной церкви, он решил, что старинный столп русской жизни и культуры нужно заменить протестантской моделью, которая была распространена в Пруссии. Фридрих, будучи свободомыслящим человеком, с презрением относился к священникам и религиозным верованиям, так почему же он, Петр, не мог вести себя точно так же? 16 февраля он издал декрет о секуляризации всей собственности церкви и передачи ее в руки нового правительства. Священники православной церкви становились государственными служащими и должны были получать жалованье. Когда высшее духовенство выразило свой ужас и возмущение, Петр самоуверенно заявил, что преклонение перед иконами является примитивным обрядом и от него нужно избавиться. Все иконы, за исключением тех, на которых был изображен Иисус Христос – все эти написанные или вырезанные из дерева изображения святых, сыгравших значительную роль в истории России, – должны быть удалены из церкви. Затем, желая нанести удар непосредственно по русским клирикам, он потребовал, чтобы священники стали брить бороды и отказались от длинных парчовых одежд до пола. Он сказал, что в будущем они должны будут носить черные сутаны, как протестантские пасторы. Архиепископ ответил, что, если его духовенство подчинится этим приказам, они будут убиты своей же паствой. На Пасху отменили традиционный крестный ход, и среди людей стали распространяться слухи, что новый император – язычник или, хуже того, протестант. Петр действительно говорил архиепископу Новгородскому, что собирается построить протестантскую часовню в новом Зимнем дворце. Когда архиепископ начал протестовать, Петр закричал, что епископ – старый дурак и что религия, которая была достаточно хороша для короля Пруссии, подойдет и для России.