18 октября они остановили машину Попелушко, вытащили священника на обочину, избили до потери сознания, а затем бросили в багажник его же машины. Потом они привезли его к лесу, избили еще более жестоко и уже мертвого сбросили в водохранилище. Расчет был на то, что тело никогда не найдут, но шофер священника, которому удалось убежать, поднял тревогу. Скоро вся страна говорила о том, что любимый народом священник похищен спецслужбами. Однако о нем не поступало никаких известий. Время шло, и тысячи поклонников беспокоились за его жизнь. 28 октября папа прилюдно вознес молитву о его безопасности в Риме на площади св. Петра.

30 октября тело священника нашли водолазы. Со связанными руками, кляпом во рту, всего в синяках и с израненным лицом. Новость скоро дошла до правительства, а затем и до церкви. Когда известие о его смерти было оглашено в церкви св. Станислава, там воцарилась гробовая тишина, затем последовали скорбные возгласы и вопли. Это отчаяние отозвалось в сердцах всего народа и за рубежом. И снова мне показалось, что эти события в Польше были предопределены. 2 ноября «Таймс» писала: «Даже в самые черные дни сталинизма польская полиция не опускалась до похищения и убийства католических священников».

Когда дело Петровского дошло до суда, его оправдали, потому что он якобы действовал в интересах государства по приказу сверху. Когда же его спросили, зачем надо было мучить Попелушко, он ответил: «Если бы он сделал то, что ему велели, нам бы не пришлось избивать его так сильно».

3 ноября на похороны Попелушко пришли 250 000 человек, они собрались на тех же улицах, где ранее звучали его пламенные службы. «"Солидарность"» живет, потому что Вы, отец Попелушко, умерли за нее», — сказал Валенса у могилы священника. Церковь св. Станислава сразу стала и до сих пор остается местом паломничества.

Британский министр иностранных дел Малкольм Рифкинд, чья семья была родом из Польши, в то время находился в Варшаве, чтобы снять разногласия между Польшей и западным миром. 5 ноября он, одним из первых иностранцев, посетил могилу Попелушко и возложил венок, объясняя это тем, что народ Великобритании желает разделить горе Польши, после чего в перерывах между встречами с коммунистами встречался с лидерами «Солидарности». Хотя это было его личным решением, принятым прямо в разгар кризиса, он действовал в рамках политики Маргарет Тэтчер, поддерживая антикоммунистические движения в Польше и СССР, что не всегда совпадало с дипломатическими правилами. Все западные министры, кроме членов греческого социалистического правительства Андреаса Папандреу, ладившего с польской хунтой, посещая Польшу после 1984 года, всегда настаивали на встрече с лидерами «Солидарности» и на посещении могилы Попелушко.