Оппенгеймер ничего не возразил против выбора цели. Более того — начал обсуждать, не следует ли нанести несколько ударов одновременно. Он считал одновременный сброс нескольких бомб «вполне осуществимым». Генерал Гровс зарубил эту идею и пожаловался, что программа «с самого начала страдала от присутствия ученых подозрительных взглядов и сомнительной благонадежности». Гровс имел в виду Лео Силарда, который только что, как ему доложили, пытался встретиться с Трумэном и убедить президента отказаться от применения бомбы. После замечания Гровса в протокол было внесено решение предпринять после бомбардировки меры по отстранению таких ученых от дальнейшей работы над проектом. Оппенгеймер, похоже, не возражал против проведения чистки.

Напоследок кто-то — вероятно, один из ученых — спросил, насколько о заседании временного комитета можно рассказать коллегам. Было постановлено, что четверым присутствующим ученым «позволяется рассказать своим людям» об участии в заседании комитета под председательством военного министра и «совершенно свободно высказывать свои взгляды на любую сторону вопроса». Заседание закончилось в 4.15 после полудня.

Оппенгеймер занял в критической дискуссии двойственную позицию. Он активно поддержал идею Бора — как можно раньше оповестить русских о появлении нового оружия. Роберт почти убедил генерала Маршалла, пока Бирнс не торпедировал этот замысел. С другой стороны, Оппенгеймер предпочел промолчать, когда генерал Гровс во всеуслышание объявил о своем намерении избавиться от таких ученых, как Силард. Он не возразил и даже не отреагировал на предложение «военной» цели, которую Конант лицемерно определил как «жизненно важный завод с большим количеством работников и плотно окруженный рабочими кварталами». Несмотря на попытки защитить предложенную Бором идею открытости, Оппенгеймер в итоге ничего не добился и безропотно согласился со всеми решениями — не сообщать Советам о Манхэттенском проекте и не предупреждать японцев о ядерной бомбардировке.

Тем временем группа ученых в Чикаго по наущению Силарда создала неформальный комитет по вопросам общественно-политических последствий создания бомбы. В июне 1945 года несколько членов комитета подготовили документ на двенадцати страницах, получивший название «Доклад Франка», названный так по имени нобелевского лауреата Джеймса Франка. Доклад делал вывод, что внезапная атомная бомбардировка Японии представлялась во всех отношениях нецелесообразной: «Будет очень трудно убедить мир принять уверения страны, тайком создавшей и внезапно применившей оружие, которое подобно [германским] ракетам убивает всех без разбора и в миллион раз разрушительнее их, в том, что она желает упразднить это оружие путем международного договора». Подписавшиеся рекомендовали продемонстрировать действие нового оружия представителям ООН — либо в пустынной местности, либо на необитаемом острове. Франка отправили с докладом в Вашингтон, где его обманули, сказав, что Стимсона нет в городе. До Трумэна доклад не дошел — его перехватили и засекретили военные.