Судебный процесс над Вайнбергом по делу о лжесвидетельстве наконец стартовал осенью 1952 года. Оппенгеймер почти сразу же получил от государственных органов уведомление о том, что его могут вызвать свидетелем. Герберт Маркс вновь добился исключения Оппенгеймера из списка свидетелей. Среди прочего он убедил председателя КАЭ Гордона Дина написать президенту Трумэну письмо с просьбой отдать министерству юстиции распоряжение об исключении показаний Крауча из рассмотрения дела. «Показания Оппенгеймера столкнутся с показаниями Крауча, — написал Дин президенту. — Чем бы ни закончилось дело Вайнберга, доброе имя доктора Оппенгеймера сильно пострадает, его значение для страны будет уничтожено». Трумэн ответил на следующий день: «Меня очень интересует связь Вайнберга с Оппенгеймером. Я, как и вы, считаю Оппенгеймера честным человеком. В наше время низложения авторитетов и неоправданных приемов очернительства хорошие люди вынуждены страдать без надобности». При этом Трумэн ни словом не обмолвился о своих намерениях.

В начале осени министерство юстиции представило подробный перечень материалов по делу Вайнберга. Оппенгеймер в них не упоминался. Однако после избрания в начале ноября на пост президента Дуайта Эйзенхауэра отношение к судебным процессам по вопросам безопасности ужесточилось. 18 ноября 1952 года чиновник министерства юстиции позвонил Джо Вольпе и заявил: «Оппи придется привлечь к процессу». «Сан-Франциско кроникл» и другие газеты подхватили сообщения телеграфных агентств: «…государственные обвинители сегодня заявили, что доктор Джозеф Вайнберг присутствовал на собрании Коммунистической партии в Беркли, штат Калифорния, в “доме, который, как утверждается… занимал Дж. Роберт Оппенгеймер”». На следующий день адвокат Вайнберга прислал Оппенгеймеру вызов в суд в качестве свидетеля защиты. Оппи поделился своим негодованием с Рут Толмен, она написала в ответ: «Какое гнусное дело. Роберт, я представляю, как тебя тревожит эта перспектива».

Маркс и Вольпе понимали: на таком судебном процессе, где показания одного человека противостоят показаниям другого, может произойти что угодно. Если Вайнберга осудят за лжесвидетельство, то обвинение могут предъявить и самому Оппенгеймеру. Поэтому Маркс и Вольпе еще раз напрягли все силы, чтобы исключить присутствие Оппенгеймера на судебном процессе. На встрече с государственными обвинителями адвокаты доказывали, что «ввергать Оппенгеймера в смятение и скорбь — ужасная затея… и выразили надежду на то, что найдется способ не подвергать такому испытанию столь важного для страны человека. <…> Джо Сталин не мог бы придумать лучшего способа вести свою игру, чем нагнетание подозрений к таким людям, как Оппенгеймер».