Важнейшее значение имело определение правового положения военной контрразведки различных ведомств. 27 июня 1941 г. 3-е Управление НКО СССР направило в ОО указание № 35523 о работе органов 3-го Управления НКО в военное время. Исходя из решения ГКО, перед ОО были поставлены конкретные задачи по обеспечению активной борьбы со шпионами, диверсантами, дезертирами, трусами и паникерами в частях Красной армии и Военно-Морского флота. ОО должны были заниматься выявлением агентов немецко-нацистских разведывательных органов, забрасываемых противником в расположение частей; борьбой с изменниками, дезертирами, паникерами и распространителями провокационных слухов; оказанием помощи военному командованию и политическим органам в охране военных секретов, в укреплении боевой готовности частей и соединений[549].

В чрезвычайной обстановке военного времени со всей остротой встал вопрос о внесении изменений в существующую мирную судебную систему. Вполне понятно, что война диктовала свои, значительно повышенные требования как к законодательству, так и к тем институтам, которые обеспечивали его выполнение. Наиболее серьезные изменения, которые внесла военная обстановка в судебную систему, заключались в расширении сферы деятельности военно-судебных органов и прежде всего военных трибуналов. Следует иметь в виду, что эти судебные органы не были новыми. Они действовали и ранее, но только в судебном обеспечении войсковых структур. Теперь же встал вопрос об ужесточении порядка, организованности и дисциплины в тех местностях, которые война определила как чрезвычайные, прифронтовые.

Для практической работы ОО НКВД и взаимодействия с другими структурами важнейшее значение имело принятие правовых положений, четко определявших права и обязанности каждой из них. Одним из первых 3 августа 1941 г. было принято «Положение об Управлении НКВД Союза ССР по делам военнопленных и интернированных». В нем указывалось, что политинструкторская группа этого управления «организует агитационно-пропагандистскую работу среди военнопленных, руководит деятельностью организуемых на приемных пунктах и в лагерях клубов, красных уголков, библиотек и других политико-просветительных учреждений».

Важнейшей задачей, вставшей перед войсками с началом войны, а затем и в ходе ее, явилась охрана тыла действующей армии. Войска НКВД имели практический опыт организации этой службы по советско-финской кампании 1939/40 гг. Однако сложности, связанные с масштабностью войны на советско-германском театре военных действий, выявили многие проблемы, касающиеся прежде всего вопросов правового статуса войск охраны тыла, их подчиненности и регламентации деятельности. Отсутствие какой-либо аналогии в предшествующей деятельности привело к тому, что войска НКВД в первый год войны выполняли свои функции по охране тыла без соответствующей правовой базы, руководствуясь лишь указаниями военных органов действующей армии, потому что не было каких-либо организационно-инструктивных указаний. И войска НКВД выполняли свои задачи в соответствии с приказом НКВД СССР, и с правовой точки зрения, функциональные обязанности у войсковых нарядов охраны тыла были совершенно иные, чем у заградительных отрядов НКО.