В состав военных трибуналов, рассматривавших дела о военных преступлениях, входили председатель, члены и секретарь. Заседание проходило с участием или без участия представителя государственного обвинения и защиты в открытом или закрытом порядке. Приговор выносился от имени Союза Советских Социалистических Республик и, как правило, был окончательным и обжалованию не подлежал. Сфера деятельности военных трибуналов в ходе войны постоянно расширялась. Это было связано с тем, что такие структуры военного времени, как транспортные, переводились в режим военного положения. Характерной особенностью вновь создаваемых военных трибуналов являлось то, что их деятельность была сразу регламентирована. Уже 22 июня 1941 г. утверждено «Положение о военных трибуналах в местностях, объявленных на военном положении и в районах военных действий». Военным трибуналам строго предписывалось руководствоваться данным положением и соблюдать законность в своей работе. Несмотря на то, что это были чрезвычайные судебные органы, они не передавались военным властям, а находились в ведении общей системы советской юстиции. Именно НКЮ осуществлял руководство всей системой, а точнее, судебное управление – всеми военными трибуналами через свои специальные управления – Главное управление военных трибуналов Вооруженных Сил СССР и военных трибуналов железнодорожного и водного транспорта, а также Управление трибуналов войск НКВД[555]. Все председатели военных трибуналов и их заместители, а также состав или члены военных трибуналов назначались НКЮ СССР. Это имело исключительно важное значение. НКЮ непосредственно участвовал в подборе и назначении руководящего состава военных трибуналов в крупных войсковых объединениях. До 1943 г. военные трибуналы действовали в составе трех постоянных членов, а затем в них стали участвовать заседатели.

В качестве надзорной инстанции над трибуналом действовали военная, военно-железнодорожная и военная водно-транспортная коллегии Верховного Суда СССР. Право надзора над нижестоящими военными трибуналами было предоставлено военным трибуналам округов и фронтов. Высшими надзорными функциями обладал Пленум Верховного Суда СССР. Основным нормативным актом, которым руководствовались военные трибуналы, был Уголовный кодекс РСФСР. Именно в нем определялись составы преступлений. В годы войны имеющийся перечень состава преступлений дополнялся новыми, принятие которых вызывалось особенностями военного времени. Так, Указом Президиума Верховного Совета СССР от 22 июня 1941 г. на рассмотрение военных трибуналов были переданы дела о государственных преступлениях, преступлениях, совершенных военнослужащими, об уклонении от исполнения всеобщей воинской обязанности (ст. 68 УК РСФСР и соответствующие статьи УК других союзных республик) и о сопротивлении представителям власти (ст. 73) и др.[556].