Из-за отсутствия общегосударственного правового документа об использовании войск охраны тыла командование фронтов разрабатывало свои инструкции по организации оперативно-боевой службе войск НКВД. Например, 10 ноября 1941 г. утверждена «Инструкция войскам по охране тыла Северо-Западного фронта», в которой излагались задачи и организация службы[550]. Но в инструкции отсутствовали многие специальные, а точнее, правовые положения. В связи с этим между войсковым командованием и охраной тыла действующей армии возникали частые недоразумения, которые порой вызывали серьезные противоречия, касающиеся боевого и служебного использования войск НКВД. Вышестоящему командованию нередко приходилось решать эти конфликты и силой приказа приводить в соответствие с Положением применения войсковых структур НКВД в условиях войны.

Осознавая, насколько важно иметь правовую базу для организации охраны войскового тыла, командование пограничных войск, как основного вида войск НКВД по охране тыла, совместно с Генеральным штабом разработали и издали 13 марта 1942 г. Положение о пограничных войсках СССР, охраняющих тыл действующей Красной армии[551]. Но данное положение являлось первым, частным документом, относящимся лишь к пограничным войскам. Оно не могло распространяться на другие части войск НКВД, также обеспечивающих тыл Красной армии. Это был ведомственный документ, который не предусмотрел место и роль войск охраны тыла в рамках оперативных направлений. Видимо, поэтому вскоре было подготовлено и 28 апреля 1942 г. вступило в действие другое, более полное по своему содержанию «Положение о войсках НКВД, охраняющих тыл действующей Красной армии». В нем указывалось, что охрана тыла фронтов организуется военными советами фронтов и выполняется войсковыми частями и тыловыми учреждениями НКВД в специально выделенными для этой цели частями войск НКВД СССР. На войска НКВД, охраняющие тыл действующей Красной армии, возлагаются борьба с диверсантами, шпионами и бандитскими элементами в тылу фронта; ликвидация мелких отрядов и групп противника, проникающих или забрасываемых в тыл фронта (автоматчики, парашютисты, сигнальщики и прочие); в особых случаях (по решению Военного совета фронта) охрана коммуникаций на определенных участках. Состав войск НКВД по охране тыла действующей Красной армии по каждому фронту в отдельности определяется Генеральным штабом Красной армии и НКВД СССР. Руководство деятельностью войск НКВД в пределах фронта осуществляет нач. войск НКВД по охране тыла фронта, который подчиняется во всех отношениях нач. Главного управления внутренних войск НКВД СССР. В оперативном отношении нач. войск НКВД по охране тыла фронта подчиняется также Военному совету фронта и выполняет все его указания по организации охраны тыла фронта в соответствии с задачами, предусмотренными положением. Глубина тыла фронта, охраняемая войсками НКВД, определяется Генеральным штабом Красной армии совместно с НКВД СССР. Использование войск НКВД по охране тыла не по прямому назначению может быть произведено только с разрешения НКВД СССР. Организационная структура, штаты, комплектование начальствующим составом, а также все остальные вопросы устройства войск НКВД по охране тыла фронта находятся в ведении НКВД СССР и без его санкции изменению не подлежат. Передача частей войск НКВД из одного фронта в другой производится решением Генерального штаба Красной армии и осуществляется приказами НКВД СССР. Снабжение войск НКВД по охране тыла фронтов всеми видами довольствия (в том числе и вооружением) производится из довольствующих органов Красной армии по заявкам органов снабжения управлений войск НКВД по охране тыла фронта. Расчет по всем видам материально-технического обеспечения производится централизованно между Управлением военного снабжения НКВД СССР и центральными довольствующими органами Красной армии. Служебные наряды при выполнении своих обязанностей имеют право в границах территории, охраняемой войсками НКВД, производить задержание всех лиц, нарушающих режим, установленный в прифронтовой полосе военным командованием, проверять документы у всех без исключения лиц (как гражданских, так и военных), передвигающихся в пределах этой территории, а также задерживать лиц, в отношении коих установлено или имеется подозрение об их враждебной антисоветской деятельности (шпионов, пособников врага и т. п.). Действия нарядов должны быть решительными и настойчивыми, вплоть до применения оружия. В своей оперативно-служебной деятельности войска НКВД по охране тыла фронта отчитываются перед Военным советом фронта и нач. внутренних войск НКВД СССР в порядке и сроки, им установленные[552].