Многие факты говорят о драматических обстоятельствах, в которых принимались решения об уничтожении документов и дел: «…ввиду создавшегося критического положения мост и все переправы через реку Дон в районе г. Коротяк были взорваны, и переправиться не было никакой возможности»; «при угрожаемом положении во время выхода из г. Старого Оскола и окружении немецкими автоматчиками». В Смоленске лишь небольшая часть партархива была вывезена, основные фонды остались в городе и попали в руки гитлеровцев. А затем оказались в США. По ряду обстоятельств до ухода из Смоленска Красной армии уничтожить архив не удалось.

С эвакуацией архивов спецслужб дело обстояло все же лучше. Условия войны диктовали учетно-архивным подразделениям немедленное решение задач по эвакуации, а в случае угрожающего положения – уничтожение учетов и архивов, в которых содержалась важнейшая информация, обеспечивавшая ведение оперативно-розыскной и следственной работы советских спецслужб. 22 июня 1941 г. пограничникам было предложено совершенно секретную и секретную переписку, особенно пятых отделений, эвакуировать, при явной опасности уничтожить. 28 июня 1941 г. в Ленинграде для сохранения оперативных архивов от возможных бомбардировок шифротелеграммой нач. 3-го Управления ВМФ СССР бригадкомиссара Петрова УНКГБ г. Ленинграда и нач. 3-го отдела Лениградского гарнизона Сервианову было приказано «привести все в полный порядок, упаковать ящики, связаться с УНКГБ и действовать по их указаниям»[774].

В большинстве случаев эвакуация происходила так, как в г. Остров Ленинградской области: 4 июля 1941 г. в связи с приближением войск противника руководство советских и партийных органов эвакуировалось из города, последними его покинули сотрудники Островского межрайонного отдела НКГБ. При этом часть оперативных документов была вывезена при эвакуации, остальные уничтожены путем сожжения[775].

С началом военных действий руководством НКВД и НКГБ СССР были приняты неотложные меры по эвакуации оперативных архивов, прежде всего из западных областей. Оперативная картотека 1-х агентурных отделов НКВД-УНКВД была своевременно эвакуирована из занятых противником областей и развернула свою работу в глубоком тылу: оперативно-справочные картотеки 1-го Спецотдела НКВД-УНКВД Украинской ССР и всех УНКВД Украины за исключением Харьковской области, НКВД Крымской АССР и Молдавской ССР разместились в Актюбинске; УНКВД Харьковской области – в Тюмени; НКВД Белорусской ССР и все УНКВД Белоруссии, НКВД Литовской, Латвийской и Эстонской ССР, Смоленской и Калининской областей – в Чкаловске; Карело-Финской ССР, УНКВД Ленинградской, Московской, Орловской и Курской областей – в Уфе. Во время обороны Москвы, 6 октября 1941 г., всем нач. оперативных управлений и отделов центрального аппарата НКВД СССР И. Серовым было приказано: