Фридрих I издал указ о протекции и финансировании юридической школы в Болонье. В 1158 году школа в Болонье получила официальный статус университета. Под эгидой императора университет в Болонье просуществовал недолго. Итальянские городские коммуны боролись за свою независимость, и немецкий император вызывал у них раздражение. Очередной вооруженный конфликт между двумя сторонами в 1176 году закончился поражением императора (битва при Леньяно). Однако правители Болоньи уже оценили важность деятельности юристов, и университет, благополучно пережив политические бури, перешёл в ведение коммуны Болоньи. Городские власти Болоньи обязались защищать учителей и студентов, при условии, что те поклянутся не преподавать нигде, кроме своего города.
Трудно наложить запрет на обучение и преподавание, если есть к тому стремление. Ряд городов устроили свои университеты. Возрос интерес к гражданскому праву, то есть законам, регулирующим имущественные и связанные с ним неимущественные отношения подданных с властью, а также подданных между собой. Изучение гражданского права получило широкое распространение и во многом сводилось к изучению римского права. Именно часть кодекса Юстиниана, в которую входили законы, ограничивающие верховную власть, в дальнейшем послужила первоначальной основой для разработки законов о суверенности различных субъектов, как то: городов, возникших государств и отдельных граждан.
Некоторое время сторонники канонического и сторонники гражданского права сильно конфликтовали друг с другом. Папа Григорий IX в 1229 году запретил изучение римского права в Париже, дабы не сводить клириков с пути следования церкви. Позднее открытое противостояние прекратилось, но приходилось всё ещё доказывать необходимость и полезность изучения гражданского права.
Средневековые юристы поступали с кодексом Юстиниана так же, как с работами отцов церкви – они его комментировали, то есть объясняли значения непонятных выражений и переводили тёмные места. Уточнения и разъяснения делали прямо по тексту латинских документов времён Юстиниана и помещали либо на полях, либо между строк. Такие комментарии назывались глоссами, а юристов, работавших с текстами, глоссаторами. Перед глоссаторами стояла задача восстановить тексты законодательных книг Юстиниана. За шестьсот лет жизнь изменилась, и глоссаторы постоянно натыкались на несоответствия с современной им действительностью, тем не менее, они очень неохотно шли на критику римских законов и тем более на их изменение.
Последним выдающимся глоссатором был Франческо Аккурций (Accursius). Около 1250 года он собрал в единый сборник все глоссы, сделанные по тексту Кодекса Юстиниана и других римских работ. В сборнике оказалось около ста тысяч глосс. Сборник назвали «Большой глоссой» (