Вскоре в Коломну вместо Геронтия был поставлен священноинок Никита Семешков, москвич, сын протопопа Архангельского собора. А сам новый митрополит, передав ему все дела, вернулся в Москву и был 4 июля 1473 года торжественно возведён на митрополичий двор.

Едва дождавшись поставления, которое свершилось 29 июля того же года, во вторник, в Петров день, новый первосвятитель приступил к строительству на своём погорелом дворе. Да развернулся с таким размахом, что народ ахнул. Как на дрожжах, за несколько недель выросли у митрополичьего двора высокие да красивые ворота из жжёного кирпича, внутри двора была заложена огромная кирпичная палата на трёх подклетях. Новый митрополит обустраивался, судя по всему, основательно, надолго. Конечно, не пожалел сделанных предшественником владыкой Филиппом запасов на храм Успения, в результате строительство храма замедлилось, хотя, конечно, совсем не остановилось, Иоанн этого не позволил бы.

Ремонтировались обгоревшие великокняжеские хоромы, отстраивались пострадавшие дворы князей, административные здания: житницы, городская управа, храмы. Всё лето с самого рассвета и до заката в городской крепости, и особенно возле Соборной площади, раздавались голоса каменщиков и плотников, стук топоров и молотков, скрежет пилы, скрип лебёдок и телег, подвозивших материалы. Москва на глазах возрождалась, словно Сфинкс из пепла: ещё более красивая и молодая.

А во дворце жизнь шла своим чередом. Весну и лето на всех границах и внутри русского княжества стояло благодатное затишье. Это позволяло великому князю пристальнее заняться внутренними государственными делами: принимать ходоков и просителей, решать их проблемы. В один из дней пожаловал к Иоанну из Суздаля архимандрит великокняжеского Спасского Евфимьева монастыря Яким. После смерти брата Юрия Иоанн пожаловал этой обители на его поминание своё село фёдоровское. Тогда же по просьбе братии явил им ещё одну милость: подписал грамоту об освобождении крестьян, живущих на труднодоступной малозаселённой монастырской земле, в медвежьем углу, от дани и пошлин на десять лет, освободил их от суда суздальских наместников и волостелей, запретил посторонним ездокам останавливаться там, разорять крестьян на корма и подарки. Кроме того, наказал своим бобровникам и бортникам не брать с собой вновь поселившихся людишек на промысел или отнимать у них для этого дела корма и подводы. Все эти меры предпринимал Иоанн, как и его предки, в тех случаях, когда хотел заселить новые, необжитые земли. Теперь Яким горячо благодарил Иоанна за данные льготы и сообщил, что благодаря этим мерам земли стали охотно заселяться и обживаться пришельцами.