Как водится, имущество казнённых и сосланных Иоанн отписывал на себя. На их земли и в их дома готовился переселить людей из Низовых земель, из самой Москвы.

19 января 1480 года Иоанн приказал арестовать архиепископа Феофила. Владыка был готов к такому обороту, перекрестился и передал государю через пристава заготовленную заранее бумагу, в которой отказывался от архиепископства. Владыка писал сумбурно, видимо, наспех:

«Познавая убожество своего ума и великое смятение своего неразумения... И того ради я, смиренный Феофил, Бога молю и челом бью господину своему и отцу Геронтию-митрополиту, и извещаю пред своею братиею, перед архиепископами и епископами и прошу благословения и прощения за своё дерзновение и о своей грубости и неполноценности своего ума, что Христово стадо пасти не смог, я того ради оставляю свою архиепископию...»

Феофил клялся провести остаток жизни в смирении, не именоваться архиепископом, благословлял великого князя и его сына.

Сия грамота произвела двойственное впечатление на Иоанна. Обращаясь в первую очередь к митрополиту и святителям, Феофил таким образом как бы подчёркивал необходимость для себя церковного суда, отставлял суд государя на второе место. С другой стороны, письмо было преисполнено смирения и признания своей вины, владыка добровольно отрекался от своего сана, за который мог ещё, в принципе, побороться.

Поразмыслив, государь приказал отправить Феофила в Москву, в Чудов монастырь под присмотр архимандрита Геннадия Гонзова, его настоятеля. Сразу же после ареста владыки и накануне своего сорокалетия, которое готовился отметить через пару дней, 22 января, Иоанн сделал себе бесценный подарок: забрал богатейшую архиепископскую казну. Не утерпел: сам отправился осмотреть и принять её.

Архиепископский казначей отец Сергий, не замешанный ни в каких заговорах, поклонился Иоанну и молча повёл гостей к заветному хранилищу. Руки его с ключами заметно дрожали, глаза были припухшими и влажными. Старец трагически переживал расправу над Новгородом, арест и высылку своего владыки. Решение Иоанна забрать архиепископскую сокровищницу, которую столетия собирали многие поколения новгородских владык, привело казначея в смятение. Ведь она, по сути, была казной всего города, всей республики. Сюда стекались ценности в виде налогов и пожертвований со всей земли новгородской, сюда же приносили дары послы, купцы и прочие гости с разных концов Европы и Азии. На эти средства строились и ремонтировались храмы и содержался весь детинец, возводились городские стены, закупался хлеб для бедняков в случае неурожая, платились налоги великому князю... Да мало ли куда могли потребоваться сокровища целого города. И теперь это богатство всего народа предстояло отдать фактически чужому человеку! В другой город. За что? Почему?