Пушки, каких тут прежде не видывали, продолжали бить беспрестанно и точно, один за другим рушились в городе дома, прочные крепостные стены вздрагивали от ударов, ворота охали и ухали, а страх всё сильнее овладевал горожанами. Наконец решение было принято, новгородцы без всяких условий отворили ворота. Чуть не всем городом вышли навстречу своему государю. Впереди — сам Феофил, все иноки и священники в ризах и с крестами, новый посадник, тысяцкий, старосты всех пяти концов, бояре и весь прочий люд. Забыв про волю и про гордость, все пали перед Иоанном на колени и принялись просить прощения. Один Феофил остался на ногах, ибо ему по сану полагалось благословить государя, но и он стоял согбенный и покаянный. Зрелище было потрясающее. Перед Иоанном, сидящим верхом на белом коне, стоял на коленях целый народ, недавно ещё считавший себя гордым и непобедимым. Насладившись зрелищем, он сошёл на землю, приблизился к владыке и принял его благословение. Распрямившись, ещё раз оглядел несметную массу опавшего на мёрзлую землю народа и громко, сколько хватало сил, чтобы всем было слышно, провозгласил:

— Я, государь ваш, даю всем невинным в измене мир и ничего не бойтесь!

Услышав эти миролюбивые слова, люди начали подниматься с колен и креститься, по толпе пронёсся слабый вздох облегчения. Как всегда, по обычаю, Иоанн проследовал к Святой Софии, помолился, затем въехал со свитой в просторный и богатый дом нового новгородского посадника Ефима Медведева, где и остановился по его приглашению. Дом этот располагался на Торговой стороне, на Славенском конце, неподалёку от Ярославова двора. Государь специально не остался жить в старой великокняжеской резиденции — дворец мало того что обветшал, так ещё и был занят наместниками и их службами.

Как обычно, время, проведённое в осаде под городом, великий князь не терял напрасно: шли допросы перебегавших туда из города сторонников государя, составлялись списки главных мятежников. Безусловно, хорошо поработали и великокняжеские наушники. Сразу же после молебна в Святой Софии Иоанн приказал схватить 50 человек. Их переправили на Ярославов двор, начали допрашивать, иных и пытать. Новгородцы шёпотом рассказывали друг другу, что из подвалов тюрьмы доносятся крики и стоны арестованных. Город вновь замер в ужасе. Ведь оговорить, оклеветать могли каждого, даже самого невинного, врагов и завистников не пашут, не сеют, они сами невесть откуда берутся. А если ещё и под пыткой, так кого угодно назовёшь.

Сына своего с частью войска государь на следующий же день после вступления в Новгород отправил назад в Москву. Ибо братья его так и не прибыли по его приказу под Новгород, не прислали своих полков, а это означало одно: предательство и измену. Поэтому Иоанн не хотел оставлять московский престол без властителя, а город без крепкого войска. Сам же спешил скорее вырвать из новгородцев их мятежное жало, чтобы хоть с одной стороны обеспечить себе прочный тыл. Список виноватых быстро пополнялся...