Однако, несмотря на все предосторожности, новгородцы всё-таки прознали, что на них движется великий князь с войском, и затворились. Весть об этом Иоанн получил, находясь уже неподалёку от города, в Бранице. Ему донесли, что мятежники не желают впускать его к себе ни при каких условиях. Тогда великий князь стал дожидаться сына. Тот не заставил себя долго ждать, прибыл через две недели с большим войском, с пушками и пищалями и с самим искусным мастером Аристотелем, без которого последние годы не обходился ни один большой поход, ибо он не только умел строить храмы и мосты, чеканить деньги и лить пушки, но и превосходно разрушал построенное, отличаясь высокой точностью при стрельбе из орудий. Дождавшись пополнения, Иоанн в тот же день приступил к городу и отдал приказ обстреливать его из пушек.

Ситуация в Новгороде сразу же круто переменялась. Ибо в любом сообществе основная масса людей живёт своими интересами, своей маленькой замкнутой жизнью, мало вникая в проблемы государственной политики. Большинству бедняков всё равно, кому платить налоги, чьим судом судиться. Не удивительно, что в случае серьёзной опасности они без колебаний занимают сторону сильнейшего, чтобы защитить самое ценное, что у них есть: жизни своих детей и свою собственную. Одно дело — поддерживать идеи вольности взмахом руки на вече, совсем иное — идти за них на смерть. Желающих оказалось немного.

Увидев огромное войско и поняв, что снова помощи им ждать неоткуда, да ещё и увидев, как на головы им падают снаряды и загораются дома, сторонники великокняжеской власти осмелели и начали перебегать к москвитянам, нередко и с оружием. Колеблющиеся же принялись громко возмущаться и обвинять мятежников в предательстве, в том, что они заботятся лишь о своём имении, о собственном брюхе. В городе вновь началась брань и междоусобица, она усиливалась по мере того, как таяла надежда на короля, татар и великокняжеских братьев и всё сильнее и точнее били пушки. Вольнолюбивый город, обессиленный голодом и болезнями, переживший только что эпидемию и разруху, а главное, утративший веру в свои силы, вновь остался наедине со своей бедой.

Довольно быстро предводители мятежа поняли, что придётся сдаваться на милость великого князя. По давнему обычаю архиепископ Феофил отправил к государю гонца за опасной грамотой для послов и для себя.

На сей раз реакция Иоанна оказалась для новгородцев неожиданной. Он ответил владыке: «Я сам опас для невинных и государь ваш. Отворите ворота, когда войду в город, невинных ничем не оскорблю».