В какой-то момент имевшиеся концепции пришлось серьезно пересмотреть. Оказалось, что мтДНК некоторых неандертальцев из Испании и Франции ближе к мтДНК ребенка из пещеры Окладникова, чем к генетике обитателей Эль Сидрона, Фельдхофера и Виндии. И наоборот: младенец Мезмайская 1 из России, найденный за тысячи километров от Западной Европы, ближе к итальянским неандертальцам, чем к ребенку из пещеры Окладникова.

Однако мтДНК могла рассказать лишь половину истории. Чтобы получить более полную и комплексную картину их происхождения, требовалась ядерная ДНК, и, когда научно-технический прогресс позволил ее извлечь, в генетике неандертальцев началась «золотая лихорадка». Сибирь стала «Диким Востоком», поскольку необычайно холодные условия в Денисовой пещере, расположенной в Алтайских горах, сохранили ДНК в исключительном состоянии. Образец, извлеченный из проксимальной фаланги пальца ноги Денисова 5 (Д5), позволил секвенировать первый неандертальский ядерный геном с высоким уровнем покрытия^{14}: так мы впервые познакомились с «рецептом» человека другого вида.

Палец принадлежал умершему около 90 000 лет назад индивиду, получившему название «алтайский неандерталец». Это была женщина, происходившая из поистине древней ветви, отделившейся от других примерно на 40 000 или 50 000 лет раньше. И совершенно неожиданно мтДНК из пещеры Окладникова, ближайшая к ней географически, генетически оказалась не самой близкой. Вместо этого наиболее полное совпадение продемонстрировал новорожденный из Мезмайской пещеры, расположенной на Кавказе, в нескольких тысячах километров к западу.

Но это были далеко не все подарки Денисовой пещеры. С 2016 г. были отобраны образцы еще шести неандертальцев, для чего ДНК по крохам извлекали из костей и даже из грунта[184]. Некоторые имели совпадения мтДНК с алтайской генетической линией, но у остальных, в том числе жившего 90 000 лет назад индивида Денисова 11 (Д11), ничего похожего не нашлось.

Эти результаты пролили свет на внутреннюю структуру всей евразийской популяции неандертальцев. Некогда две основные ветви разошлись и в течение тысячелетий оставались изолированными друг от друга в Европе и Азии. Более того, потомки алтайской женщины, так сказать, давно потерянные кузены всех остальных неандертальцев, по всей видимости, вымерли, и впоследствии их заменила тонкая веточка, берущая начало в европейском древе. Как и в случае с мтДНК в Европе, представляется, что в отдельно взятых регионах было несколько линий ядерных ДНК, которые либо существовали в одно время почти без смешения, либо достаточно быстро сменяли друг друга.