Споры о вердиктах перешли в споры о наказаниях. Самая острая дискуссия разразилась из-за наказания Гессу. Биддл и де Вабр не согласились с утверждением Никитченко, что подпись Гесса на Нюрнбергских законах 1935 года сделала его ответственным за гибель миллионов евреев. Они также поставили под вопрос давние советские заявления, что Гесс полетел в Шотландию в мае 1941 года в первую очередь для того, чтобы переиграть Советский Союз. На заседании 10 сентября де Вабр проголосовал за двадцатилетнее тюремное заключение, Биддл и Лоуренс за пожизненное заключение, а Никитченко за смертную казнь. Опасаясь, что Биддл и Лоуренс присоединятся к де Вабру, Никитченко неохотно согласился на пожизненное заключение[1331]. Судьи также резко разделились по поводу Альберта Шпеера, архитектора, ставшего министром вооружений. Де Вабр и Лоуренс заявили, что запоздалые попытки выступить против Гитлера смягчают шпееровскую вину, и предложили пятнадцать лет тюремного заключения. Никитченко и Биддл потребовали смертной казни, но затем Биддл (который позже назвал Шпеера «самым человечным и порядочным из подсудимых») сменил сторону и согласился на пятнадцать лет. Наказание вождю гитлерюгенда Бальдуру фон Шираху тоже вызвало разногласия. Никитченко снова заявил, что тот достоин лишь смертной казни, но де Вабр и Биддл сочли, что это слишком жестоко. Судьи сошлись на двадцати годах[1332].

В середине сентября пропасть между Никитченко и западными судьями стала еще шире: Биддл и Лоуренс потребовали оправдать Папена. Де Вабр в ответ предложил оправдать также Фриче и Шахта. Он заявил, что эти трое подсудимых ответственны примерно в равной степени. Никитченко, уловив, куда дует ветер, отозвал свое требование повесить Папена и объявил, что согласен на десятилетнее заключение. Но было слишком поздно. Биддл, раньше поддерживавший осуждение Шахта, совершил еще один поворот и объявил, что этот «старик» виновен в основном в «безрассудстве» и осудить его будет слишком жестоко. Никитченко, опять проиграв голосование, пригрозил, что не согласится с приговором. Биддл стал уговаривать его передумать, настаивая, что судьи не должны выносить на публику то, что он назвал «откровенными приватными обсуждениями»[1333].

Прения оборачивались не в пользу Никитченко. И, с его точки зрения, дело организаций тоже выбивалось из нужной колеи. Чтобы сузить охват виновности, Паркер предложил считать членство в обвиняемой организации «преступным» только после начала войны – подобное же (но не идентичное) ограничение Трибунал применил к обвинению в заговоре. Другие западные судьи поддержали эту идею. Но еще более серьезной угрозой было мнение, что обвинителям не удалось полностью доказать виновность некоторых обвиняемых групп. И Биддл, и де Вабр, и Лоуренс сомневались в утверждении обвинителей, будто бы Генеральный штаб и Верховное командование составляли отдельную организацию и оказывали значимое влияние на нацистскую политику. Они также заявили, что Имперский кабинет не настолько велик, чтобы объявлять его огульно преступным. Наконец, они указали, что СА потеряла свое влияние после 1934 года[1334].