В течение шести лет почти вся территория Венгрии находилась фактически под властью венгров, и вся страна участвовала в войне. В этом едином фронте борьбы исключение представляли сербы, в свое время покинувшие турецкую территорию и поселившиеся в юго-восточной Венгрии. Сербы, которым корона с самого начала, вероятно не без тайного умысла, покровительствовала, пользовались не только свободой вероисповедания, но и в течение многих лет были освобождены от налогов. Не удивительно, что они стали на сторону венского правительства и боролись так же, как и хорваты, на стороне императорских войск. Такое поведение сербов озлобило венгров и создало почву для длившегося столетиями взаимного недоверия обоих народов.

Переговоры начались без особой надежды на успех. Леопольд I соглашался объявить амнистию и расследовать некоторые жалобы на действия своей армии и чиновников — и только. Венгры же, оставаясь в составе габсбургской монархии, требовали полной независимости и объединения с Трансильванией, а также гарантий европейских держав относительно выполнения мирного договора с Австрией.

5 мая 1705 г. Леопольд I умер. Престол унаследовал Иосиф I, который являлся одним из немногих в Австрии, желавших примирения с Венгрией… Он всегда выступал против политики «железного кулака», всегда предупреждал от последствий, вызываемых такой политикой. Ему было ясно, более ясно, чем принцу Евгению, что венгерский вопрос не удастся решить «по-чешски». Считая важной проблемой расширение монархии на восток, он хотел, не доводя дело до серьезной борьбы, любой ценой умиротворить Венгрию. Вероятно, Иосиф согласился бы еще в 1705 г. восстановить старую венгерскую автономию в том виде, в каком она существовала до 1687 г., но венгры не желали уже отказаться от своих требований. Одно из них — гарантии иностранных государств относительно мирного договора — было действительно неприемлемо для Австрии, так как являлось бы по существу нарушением австрийского суверенитета.

Поэтому война возобновилась. Пока армии передвигались, пока побеждали то императорские войска, то венгерские, венгры осуществили в законодательном порядке последний акт отделения от габсбургского государства. Собрание венгерских сословных представителей объявило себя законодательным и конфедеративным сословным собранием, то есть первым парламентом страны, и образовало правительство — Государственный совет из 24 членов во главе с Ракоци. Трансильвания, незадолго до этого избравшая Ракоци главой правительства, присоединилась к Венгрии.

Через два года Иосиф I, являвшийся и венгерским королем, был свергнут, и была провозглашена независимость Венгрии. Был внесен ряд предложений, касавшихся дальнейшей судьбы Венгрии, в том числе вопроса о передаче венгерской короны курфюрсту Баварскому, о присоединении Венгрии к Польше. Таким образом, были сожжены все мосты между конфедератами и Иосифом I, и в этом не малую роль сыграло предложение передать венгерскую корону Максу Эммануилу. С точки зрения короны компромисс с автономной Венгрией был возможен. Но он был невозможен с Венгрией, которая находилась бы под баварским, то есть практически под французским господством, и, таким образом, держала бы Австрию в клещах.