Однако вместо этого они получили системный хаос, исходящий с самого верха, и чуть позже — бесконечный набор реорганизаций. Игорь Простяков отметил — первое, чем поразил его Рыжков в новой должности, было то, что десять дней после назначения он не находил времени, чтобы встретиться со своим новым аппаратом — сотрудниками Совета министров СССР. Зато вскоре полностью поменял структуру аппарата — со специфической совминовской (узкие «референтуры») на цековскую — большие «отделы»[1102]. Он также отказался от процедуры предварительного обсуждения вопросов, выносимых на заседания Совета министров, со специалистами своего аппарата, которая была неизменна при прежних председателях Совета министров и позволяла оценить предлагаемые ведомствами проекты с общегосударственной точки зрения[1103]. Вместо этого оценку проектов стали вести два-три человека из его ближайшего окружения (приведенные из аппарата ЦК КПСС)[1104]. Не менее удивительным для аппаратчиков фактом было то, что Рыжков при поддержке Горбачева стал игнорировать замечания, поступавшие к подготовленным им документам от других членов Политбюро[1105].

Яков Рябов, заместитель Рыжкова в 1985–1986 годах, вспоминает:

Мы, члены Президиума Совмина СССР, еще до начала работы XXVII съезда партии просили Рыжкова, настаивали организовать встречу с Горбачевым, чтобы поговорить о системе работы Политбюро, Секретариата ЦК КПСС и Совмина СССР. Дело в том, что тогда не было никакой системы в работе этих высших партийных и исполнительных органов. Шла какая-то лихорадочная суета, с утра до вечера проводились заседания и совещания, причем все под эгидой оперативных — без предупреждения вызывали в ЦК, давали различные поручения, которые совершенно не увязывались с ранее принятыми постановлениями и решениями правительства или ЦК КПСС. Мы на Президиуме Совмина утром у Рыжкова принимаем решения, даем задания министерствам, а вечером приходит премьер из ЦК или от Горбачева, собирает нас и ставит с ног на голову вопросы, которые мы рассматривали несколько часов назад. Мы возмущаемся, заявляем Рыжкову, что так работать нельзя, убеждаем его, что он должен отстаивать принятые нами совместные решения по управлению экономикой страны, это наша совместная прерогатива. По работе в ЦК КПСС я хорошо помню, как, невзирая ни на что, отстаивали решения Совмина и Косыгин, и Тихонов. Они спорили, они доказывали! Мы об этом неоднократно говорили Рыжкову. Он нервничал, огрызался, но, к сожалению, только с нами, а не «там». Вот почему мы настаивали на встрече с Горбачевым. «Большой сбор» состоялся в ЦК КПСС 12 марта 1986 года, продолжался с десяти утра до полдевятого вечера. В разговоре участвовали Горбачев, Рыжков, секретари ЦК и мы, «возмутители спокойствия» — зампреды Совмина СССР. Встреча проходила бурно, все выступали и не по одному разу. Было признано, что разговор получился полезный, это подтвердил и Горбачев, который также наговорился досыта. В общем, пар выпустили, согласились, что надо навести порядок и работать системно, не дергать друг друга по пустякам, приоритет в руководстве экономикой страны должен быть у Совмина СССР[1106].