Именно благодаря Лесгафту возникла русская научная система физического воспитания и подготовки учителей гимнастики, нашедшая отражение в его трудах – «Руководство к физическому образованию детей и школьного возраста» (1901—1904) и «Семейное воспитание ребенка» (1906).
Вообще, Петр Францевич являлся характерным представителем русской интеллигенции – свободомыслящим, либеральным, умеренным оппозиционером, радетелем за народ, подвижником. Деятельность Лесгафта нередко шла вразрез с официальной государственной линией, но это не останавливало, поскольку он прекрасно знал, что государство нуждается в его деятельности и не подвергнет его остракизму. Поэтому репрессии правительства в отношении Лесгафта не были слишком жесткими. Полиция постоянно присматривала за ученым-вольнодумцем. Так, в 1901 г. Лесгафта за выступления в защиту студентов-демонстрантов арестовали и выслали из Петербурга на год в Финляндию. Кстати, курсы Лесгафта, закрытые властями, возобновили свою деятельность уже после смерти их основателя, последовавшей в 1909 г.
Деятельность П.Ф. Лесгафта оказала серьезное влияние на общественное мнение. Идеи физического воспитания, в частности, нашли активных сторонников в Императорской Военно-медицинской академии. Разработку проекта о введении физического воспитания поручили профессорам И.П. Павлову, Г.И. Турнеру и Тарецкому. Обстоятельно подготовленный проект они представили 1 декабря 1899 г. на рассмотрение конференции Военномедицинской академии.
В нем говорилось, что введение занятий физическими упражнениями не только полезно, но и крайне необходимо. Предполагалось ввести занятия гимнастикой, фехтованием, плаванием и верховой ездой. При обучении плаванию – не ограничиваться купальней на Неве, которая может использоваться только летом, а устроить в одном из зданий академии бассейн с нагретой водой. Занятия верховой ездой предлагалось проводить в манеже артиллерийского училища. Кроме этих видов спорта рекомендовались катание на коньках, игра в городки и кегли на свежем воздухе.
Чтобы привлечь студентов к этим упражнениям, комиссия предлагала сократить «хотя бы в течение одного или двух дней в неделю обязательные вечерние занятия в лабораториях и клиниках». Конференция одобрила проект, но указала, что от устройства бассейна придется воздержаться из-за его дороговизны, а предложение сократить вечерние занятия студентов надо обсудить еще раз при составлении расписания на следующий учебный год. В остальном же Военное министерство пошло навстречу просьбе академии об организации занятий физическим воспитанием со студентами и выделило средства для приобретения спортивного инвентаря, что позволило за несколько лет почти полностью осуществить предложенный проект. Занятия по различным видам физических упражнений проводили специально приглашенные специалисты. Гимнастику вел чех Вихра, фехтование – Киавери, общее руководство осуществляли И.П. Павлов и Г.И. Турнер.