Одним из последних стало церковное имущество. Петр I упразднил патриаршество, заменив его синодальной организацией, которой следовало усилить пастырское попечение о прихожанах. С этой целью государство отменило те налоговые льготы, которыми все еще пользовались церковные земли, подняло ставки налогов и принудило церковь и крупнейшие монастыри участвовать в сооружении триумфальных арок по случаю побед и строительстве Азовского флота (1696–1697). Петр также ограничил монастырское землевладение, а в 1701 году создал Монастырский приказ для более эффективного сбора денежных средств с церковных имений. Он выделил группу богатых монастырей и епископств, которые должны были выплачивать часть своих доходов непосредственно государству. При этом, однако, Петр не стал запрещать церкви владеть землей и не ликвидировал существовавшие в стране монастыри.

При Екатерине II церковь по-прежнему обладала немалым экономическим могуществом, пыталась, хотя и безуспешно, восстановить патриаршество и смело заявляла, что поскольку Петр I не предъявлял претензий на большинство церковных земель, то права церкви на владение землей тем самым подтверждены и ей следует вернуть отнятые льготы. Благодаря пожертвованиям и экономическом росту церковные и монастырские владения в 1762 году составляли около двух третей всех обрабатываемых земель, на которых проживало около седьмой части всего сельского населения империи (по преимуществу на севере и в центре). Для покрытия военных расходов Петр III – эта мера была намечена еще при Елизавете – решил изъять в пользу государства новую порцию церковных земель и передать их в ведение Коллегии экономии (ранее упраздненной и теперь воссозданной), которой управляли бы отставные дворяне. Таким образом, епископы и монахи получали бы жалованье от государства, а у монастырей оставалось бы достаточно земель для содержания монахов. Петр успел приступить к этой реформе; Екатерина, после некоторого колебания (императрица не хотела отталкивать церковь на фоне бурных событий, связанных с ее восшествием на престол), подхватила его начинание в 1764 году. Возможно, причиной были также крестьянские волнения, вспыхнувшие, когда претворение в жизнь реформы (получившей одобрение крестьян) было приостановлено. Большинство обителей закрылись: из 562 мужских монастырей остался только 161, из 217 женских – только 67. К 1770 году 17 тысяч монахов, оставшихся без места, были призваны в армию. Положение бывших церковных крестьян, ныне «экономических», было лучше, чем даже у государственных крестьян, поскольку в ходе реформы земли подверглись перераспределению и крестьянские наделы увеличились. Правда, оброк был поднят по сравнению с прежним, но тем не менее эти крестьяне преуспевали, государство же получило прибавление ежегодного дохода на сумму в миллион рублей.