Огромной проблемой для властей Сибири и Дальнего Востока было массовое дезертирство бывших партизан из регулярных частей РККА, взрывавшее всякий порядок на больших территориях. Партизаны очень наглядно демонстрировали крайнюю неприязнь к воинской дисциплине и тяготам военного быта. Весной 1920 года в Западной Сибири из 5‐й армии дезертировало порядка 6 тыс. бойцов[2496]. Учитывая дезертирство и восточносибирских партизан, приходится сделать вывод, что из РККА бежало до четверти мобилизованных в нее повстанцев. Причем эти дезертиры, уходившие обычно с оружием, были по-настоящему опасны для властей.

Политотдел 26‐й дивизии в начале марта с тревогой отмечал, что в Алтайскую губернию стекаются дезертиры из бывшего корпуса Козыря и конные группы из 1‐й и 6‐й горных дивизий Третьяка и Архипова из Новониколаевска, причем Козырь «тысячами выпускает свои „манифесты“ к крестьянам и партизанам», требующие неповиновения большевистским властям. Что касается Е. М. Мамонтова, то он «хоть беспрекословно и подписывает подсовываемые ему… [политотделом] приказы, но в то же время не выступает никогда на митингах… <…> Начинаются бесчинства. Разгоняются комячейки, избиваются и ограбляются коммунисты, устанавливается „крестьянская власть“. <…> Деревни принимают вид военных лагерей, выставляют заслоны, окапываются и готовятся к борьбе с „коммуной“»[2497].

Емельян Ярославский в «Советской Сибири» 28 апреля 1920 года выступил со статьей «Урок Славгородского уезда», где говорилось, что под влиянием контрреволюционной агитации и из‐за непонимания некоторых распоряжений власти «…небольшие группы бывших партизан вместе с дезертирами разогнали несколько сельских и волревкомов… грабили кое-где продовольственные амбары; а затем это „движение“ перешло в разгул, пьянство, ограбление целого ряда селений». Ярославский умолчал, что дезертиры в огромном числе тоже являлись бывшими партизанами, к тому же вооруженными нередко лучше, чем милиция.

Сводка Енисейской губЧК сообщала, что той же весной дезертиры-партизаны Минусинского уезда чинили самосуды, отбирали у крестьян лошадей и различное имущество[2498]. Согласно информации окружной комиссии по борьбе с дезертирством СибВО от 25 марта, в Пермской, Семипалатинской и Алтайской губерниях приходилось «бросать огромные отряды красноармейцев для вылавливания дезертиров и уничтожения их налетов на советские учреждения и деревни…» В том же марте в Семипалатинске ввиду отсутствия довольствия и из‐за непредоставления квартир разбежался «кучками по деревням» Алтайский полк «в полном вооружении». В конце мая в одном Барнаульском уезде насчитывалось около тысячи дезертиров, 95% которых являлись бывшими красными партизанами. В июне количество дезертиров в Славгородском уезде за счет неявившихся призывников 1901 года рождения выросло на 600 человек[2499]. С точки зрения советских историков, анархистские погромы со стороны шаек партизан-дезертиров были антисоветскими мятежами, волна которых прокатилась по всей Сибири начиная с января–февраля 1920 года[2500].