На VIII Всероссийской конференции РКП(б) в декабре 1919 года было заявлено, что если партизанские отряды откажутся беспрекословно повиноваться приказам РККА, включая разоружение и расформирование, то «…никакого чувства благодарности по отношению к ним быть не может. Здесь есть один путь, путь беспощадной, самой решительной ликвидации этих отрядов»[2547]. Сибирские партизаны, хотя и называли части Красной армии российскими, все же были настроены лояльнее, чем украинские повстанцы, которые, как отмечал Ленин, «с центральной властью… совершенно не считались, и каждый батько думал, что он есть [полномочный] атаман на месте»[2548]. И. Н. Смирнов на заседании Сибоблбюро ЦК РКП(б) 3 декабря 1919 года заявил, что в районе Барнаула, Славгорода и Семипалатинска находится 30 тыс. партизан Е. Мамонтова, которых «необходимо обработать, дабы не повторилась украинская история». В итоге Сиббюро постановило направить в повстанческую среду крупных деятелей для ведения политической работы: в район Барнаула–Семипалатинска агитировать Западно-Сибирскую крестьянскую красную армию Мамонтова был послан В. М. Косарев, а в Минусинский уезд, где базировалась армия Кравченко и Щетинкина, – В. И. Хотимский[2549]. В тот же день РВС 5‐й армии постановил «пополнять партизанами основные дивизии, не допуская существования отдельных партизанских отрядов»[2550].

Директива РВС 5‐й армии от 15 декабря 1919 года об отношении к партизанским частям армии Мамонтова, адресованная военным советам дивизий и комбригу, предписывала во избежание «заражения партизанщиной» и «повторения махновщины» всех партизан отводить на переформирование в тыл: часть – к Семипалатинску и Новониколаевску, партизан Алтая – к селам Павловский Завод, Нижне-Сузунский Завод, Шаховская, а томских партизан – в село Кожевниково и деревню Батурино. Необходимо было провести чистку партизан, агитировать за преимущество регулярной армии над повстанческой, широко внедрить агентуру Особого отдела ВЧК 5‐й армии и подвергать рядовых и командиров «беспощадной каре» за недисциплинированность, грабежи населения и «попытки поднять смуту». К местам сосредоточения партизан предписывалось отправить «надежные и сильные отряды особого назначения», а снабжение и жалованье предоставлять только после подчинения партизан частям РККА[2551].

Бывший командующий 5‐й армией М. Н. Тухачевский в конце того же декабря публично заявил, что сибирское «…партизанство не только не разлагает нашей армии, но, наоборот, служит ей отличным источником пополнения»[2552]. Имея всеобъемлющую информацию о партизанской боеспособности, Тухачевский несколько преувеличил качество самодеятельных сибирских войск, лишь меньшая часть которых годилась для пополнения. С другой стороны, и дисциплинированность рядов РККА далеко не всегда была на высоте. Тухачевского же в тот момент волновал прежде всего вопрос пополнения 5‐й армии, что осуществлялось преимущественно за счет партизан.