Политическая работа коммунистов против партизанщины была разнообразной и опиралась не только на пропаганду с помощью митингов, листовок и воззваний. Зачастую аресты активных партизан вразумляли повстанческую массу куда действеннее, чем словесные усилия по разъяснению принципов коммунистической политики. Чекисты же были твердо уверены, что партизанские вожаки придумывают заговор за заговором (либо видели в арестах анархиствующих вожаков, давая им острастку, политическую необходимость). Когда с мая 1920 года начались масштабные партизанские мятежи, эта уверенность только окрепла, так что экс-повстанцы стали для политической полиции одним из приоритетных объектов агентурных разработок и прямых репрессий, а численность партизанских «заговоров» исчислялась многими десятками.

В ответ на сопротивление политике военного коммунизма чекисты в течение 1920 года «профилактически» арестовывали многих виднейших алтайских, томских и енисейских командиров (Е. М. Мамонтова, Д. Е. Блынского, И. В. Громова, М. С. Козыря, А. Д. Кравченко, П. К. Лубкова, Г. Ф. Рогова, С. К. Сургуладзе, И. Я. Третьяка, В. П. Шевелёва-Лубкова, М. З. Белокобыльского, З. С. Воронова-Трунтова, Н. Н. Кожина, В. И. Плетнёва и др.), приговаривая их к легким наказаниям. Зачастую это была временная изоляция в тюрьме на острый политический период с нередкой высылкой из пределов Сибири. Однако Сиббюро ЦК в конце 1921 года согласилось с возвращением домой И. Третьяка и В. Плетнёва, несмотря на протесты алтайских губернских властей, обвинявших этих вожаков в агитации против продналога, принятии «ходоков» и нанесении огромного политического вреда. Но Сиббюро в ноябре и декабре подтвердило свое согласие на проживание Третьяка и Плетнёва в Барнауле и Горном Алтае[2635].

Подобная профилактика с использованием арестов процветала и в ДВР, коснувшись Д. И. Бойко-Павлова, М. Е. Попко и других видных вожаков. В апреле 1922 года особисты ГПО ДВР заключили, что в следственном деле командира отряда «Старик» А. Н. Бутрина и его адъютанта А. В. Торощина по кличке Маракас (оба коммунисты), а также арестованных вместе с ними соседок по вагону поезда (39 и 15 лет) нет никаких обвинительных данных, в связи с чем дальнейшее содержание их на гауптвахте Военного отдела ГПО в Чите «немыслимо». Военсовет НРА постановил отправить обоих известных партизан в распоряжение начальника инспекции Всевобуча М. Ф. Барандохина[2636].

В уголовном порядке преследовали видных партизан и за менее серьезные, не связанные с антисоветской позицией преступления. Из системы военной юстиции в Забайкальский губсуд в июле 1923 года было передано дело по обвинению бывшего командира партизанского отряда Василия Шаратских по статье 90 УК РСФСР («Заведомо ложное сообщение в письменном заявлении государственному учреждению или должностному лицу о деятельности государственных учреждений или должностных лиц, или заведомо ложный ответ на официальный запрос таковых, карается – лишением свободы на срок до одного года»)[2637].